Baba Oruç'tan haber alınamaması İskenderiye'de hızla yayılmıştır. Haberin üzerine Kılıç Bey, Baba Oruç'u ve leventlerini bulması için Hızır Reis ve Niko'ya destek olmuş; Şahin Bey ve tayfasıyla beraber deryalarda Baba oruç ve leventlerinden bir iz bulmak için yelken açmışlardı. Baba Oruç ve leventleri, kendilerine kurulan tuzakları püskürtmüş fakat en sonunda ıssız kayalıklarda Pietro'nun gönderdiği acımasız savaşçılar tarafından kıstırılmış ve üzerlerine oklar çekilmişti. Baba Oruç ve leventler bu kıskaçtan nasıl çıkacaklardır? Hızır Reis, Baba Oruç'un düştüğü darboğazı uzaktan görmüş ve yardım etmek için harekete geçmek istemişti. Ancak Şahin Bey engel olmuştu. Hızır Reis, Şahin Bey engelini geçerek Oruç ağasının yardımına yetişebilecek midir? Deryalarda ölüm kalım mücadelesi verilirken Oruç'un kaybolduğunu öğrenen Despina, Isabel'I suçlamaktadır. Despina'ya göre Isabel evliliklerini kıskanmış ve Oruç'u elinden almak için her yolu denemiş ama başarılı olamayınca da Oruç'un canına kast etmiştir. Kendi zihnini bu şekilde doldurarak hanı basan Despina, Isabel'e el kaldırmıştır. Isabel ve Despina arasında son aşamaya varan bu çatışma nelere sebebiyet verecektir? Baba Oruç, mahsur kaldığı yerden kurtulup kendisine kurulan tuzakların kime ait olduğunu deşifre edebilecek midir? Cafer, Şahin ve Sylvio üçgenini ortaya çıkarabilecek mi?

Baba Oruç ve tayfası, zulme uğrayan köylüleri kurtarıp yeniden yelken açarlarken, Kara Korsan adıyla deryalara tekrar dönen Antuan tarafından saldırıya uğramışlardı. Baba Oruç ve leventler bu saldırıdan sağ kurtulabilecekler mi? öte yandan Hızır ve Niko, Eshter'i yakalamış fakat Radko'nun da tuzağına düşmüştü.. Hızır ve Niko bu saldırıdan kurtulabilecekler mi? Radko, Eshter'i İskenderiye'den çıkarabilecek mi? Isabel'in, Baba Oruç'un evine yapılacak baskını ifşa etmesi ve Radko tarafından açıkça tehdit edilmesi üzerine kızının saklandığı yetimhaneyi adamlarıyla basan Sylvio geri dönüşü olmayan kararlar mı alacak? İshak'la karşı karşıya kalan Sylvio durumu ne kadar ileri taşıyacak? Perdenin arkasında kuklalarını yöneten Pietro, hem Eshter'i ele geçirip hem de Baba Oruç'u bertaraf ederek nihai hedefine yaklaşmak için o büyük adımı atmayı başarabilecek midir? Tüm bunların yanı sıra Baba Oruç'un tuzağa düşmesi İskenderiye sokaklarında nasıl yankılanacak? Oruç'u Isabel'den kıskanan Despina, Baba Oruç'un başına gelen bu hadiseler yüzünden sorumlu tutacağı Isabel'e karşı nasıl bir tavır takınacak?

Baba Oruç ve Isabel güçlerini birleştirerek, Müslümanlara göz açtırmayan örgüt Unita'nın zulmünü bitirmek için harekete geçerler. Zalimlere karşı duran ve mazlumlara umut olmak için yaşayan Baba Oruç'u ve örgütün kardeşini esir tuttuğu Isabel'i bu yolda neler bekliyor? Unita'ya nasıl karşı koyacaklar? Isabel'in adalet duygusu ağır basıp, İskenderiye'den Selanik'e gidecek olan ticaret gemisini Cafer'in elinden alıp Baba Oruç'a vermişti. Bu durum Cafer'in tüm planlarını altüst etmiş, arzuladığı zenginliği bir bakıma adeta suya düşürmüştü. Cafer'in Baba Oruç'a olan kini bu olayla daha da artmış, intikam için Baba Oruç'un gemisini sabote etme kararı almıştı. Bu suikast girişimini son anda fark eden Baba Oruç ve İlyas, Cafer'in adamlarıyla kıyasıya bir mücadeleye girmişlerdi. Bu mücadeleden sağ çıkan taraflar kim olacak? Baba Oruç için her şeyin sonu mu yoksa her şey daha yeni mi başlıyor? Diğer tarafta ise Midilli'den İskenderiye'ye yelken açan Hızır, Niko, İshak ve Hamza'nın içinde olduğu gemi Radko ve askerlerinin olduğu savaş gemisi tarafından saldırıya uğramıştı. Fakat Hızır Reis'in zeka dolu ve bir o kadar da cesaret isteyen planı işe yaramış ve Radko'nun gemisini püskürtmeyi başarmışlardı. Ancak Pietro'dan kesin emir almış olan korkusuz savaşçı Radko da peşlerini bırakmamaya kararlıdır. Radko'nun yeni stratejisi nasıl şekillenecektir? Hızır, Niko ve İshak, ona karşı kendilerini ve kitabı koruyabilecekler mi? Tüm bu hadiseler deryalarda yaşanırken, Baba Oruç'un öldüğünü düşündüğü Antuan, Pietro'nun gayretleri sonucunda eski sağlığına kavuşmuştu. Antuan'ın tehlikeli bir savaşçı ve becerikli bir korsan olduğunu bilen Pietro, onu kendi tarafında savaşması için ikna edebilecek midir? öte yandan Despina'nın karnındaki çocuk onu günbegün ölüme götürmektedir. Lakin o bu duruma Baba Oruç'u sevdiği için katlanıyordur. Babası Yorgo ve Oruç'un ailesine fitne saçmak isteyen Asiye'nin öğütleri kafasını karıştırıyordur. Peki, Depsina onları dinleyip karnındaki çocuktan vazgeçecek midir? Despina'yı Oruç'tan ayırmak isteyen Yorgo neler yapacaktır?

Pietro'nun emriyle içinde büyük sırların olduğu kitabın peşine düşen Radko, Süleyman'ın yaşadığı Midilli'ye çıkarma yapmış ve izini sürerek İshak'ın evine baskın verip onları sıkıştırmıştır. Bir anda Radko'yu karşısında bulan Hızır ve İshak acaba bu cendereden kurtulabilecek midir? Papalığın peşinde olduğu mühendis Ebu Muhammed'i Tekgöz Theo'dan kurtarmayı başaran Oruç, ardından kötü bir sürprizle karşılaşmıştır. Isabel'den, aldığı gemisi Şahin tarafından zapt edilmiş, kurtardığı Ebu Muhammed de esir edilmiştir. Oruç, adına kara çalacak olan bu hadiseye nasıl bir tepki verecektir? Şahin'in bu ihanetine babası Kılıç Bey'in tavrı ne olacaktır? Sylvio Akdeniz'de yıldızı parlayan Oruç'u zayıflatmak için Cafer ile kirli bir ittifaka girişmiştir. Para ve güç hırsıyla yanan Cafer, Oruç'a yeni bir darbe indirmek için ne tür bir yol izleyecektir? Diğer yandan Pietro'nun emriyle Oruç'u bitirmek için uğraşlara giren Sylvio ilk olarak kızı Isabel'i ondan uzaklaştırmaya çalışacaktır. öz babası ile Oruç arasında kalacak olan İsabel'in tavrı ne olacaktır? Baba Oruç kendisine karşı yapılan haksızlıklar karşısında nasıl bir yol izleyecektir? Elleri İshak'ın ailesinin kanına bulaşmış olan Yorgo, Midilli'den kalkıp İskenderiye'ye kızının yanına sığınmıştır. İshak'ın kendisinden intikam almak istediğini bilen Yorgo'nun yardımına kim yetişecektir? Despina, babası Yorgo'nun İskenderiye'de saklandığını Oruç'tan gizleyecek midir?

Düşmanlarını deryanın derin ve karanlık sularına gömen İshak; Baba Oruç ve İlyas'ın tüm ısrarlarına rağmen evine, Midilli'ye dönmeyi seçer. Fakat yaşadığı hadisenin etkisi hala üzerindendir ve Midilli'de onu büyük bir yüzleşme beklemektedir. Pietro, peşinde olduğu demirciyi her yerde ararken, adım adım da sırra yaklaştığını düşünmektedir. Sırra ulaşmak uğruna eline geçen her fırsatı değerlendirmeyi de ihmal etmeyecektir.Baba Oruç'a destek olduğu için başı belaya giren İsabel kaldığı durumdan kurtulmak için planlar yaparken aynı anda babasıyla da karşı karşıya kalır. Hızır ve sırrın peşinden gidenler, yeni soruların cevabını bulmak için oldukça çetin mücadelelerin içerisine girerler. Hızır soruların cevaplarını bulup kadim düşmanlarını alt edebilecek mi? Pietro yaklaştığını düşündüğü sırrın cevabını bulabilecek mi? İsabel, Baba Oruç için öz babası Silvio'ya karşı çıkabilecek mi?

Hızır, kendisi yüzünden hayatı tehlikeye giren Zeynep'le birlikte Pietro'nun adamlarından kurtulmak ve üzerinde bulundurduğu emaneti Süleyman Usta'ya ulaştırmak için çok zorlu bir yolculuğa çıkıyor. Durumu öğrenen Pietro ise hem emanete hem de Hızır'a ulaşmanın yollarını bulmak için tüm imkanları seferber etmiştir. Bu sırada Hızır ve Zeynep bir daha karşılaşmamak üzere ayrıldıklarını düşünseler de kader onları yeniden bir araya getirecektir. Oruç ve İlyas kendilerine kurulan tuzağın başında kimin olduğunu öğrendiklerinde çok şaşırırlar. Kendilerini yine bir çatışmanın içerisinde bulacaklardır. Ailesinin gözleri önünde katledilişini izleyen İshak, Korsan Antuan tarafından esir alınır. Gördüğü ağır işkenceler sırasında İshak, adeta yardım diler gibi kardeşlerinin adını sayıklar. Tek amacı Oruç'u öldürerek kardeşinin intikamını almak olan Antuan ise sabırla Oruç'un ağasını kurtarmak için gelmesini bekler. Oruç ve İlyas'a tuzağı kim kurdu? İshak, Antuan'ın elinden kurtulabilecek mi? Hızır, aldığı emaneti Süleyman Usta'ya ulaştırabilecek mi?

Midilli Fatihi Yakup Ağa'nın oğulları İshak, Oruç, Hızır ve İlyas babalarının ölümünden sonra ayrı düşmüşlerdir. Oruç ve İlyas, İshak Ağalarının karşı çıkmasına rağmen denizlere açılmışlardır. İshak, Hızır'ın baba ocağı Midilli'de olmasından çok memnundur ancak Hızır'ın aklında da kitapçı Süleyman Usta ile birlikte peşine düştüğü büyük ve kutsal “sır” vardır. Ancak bu kutsal sırrın tek arayanı onlar değildir. Bu uğurda her kötülüğü yapabilecek olan Pietro da boş durmamaktadır. Baba Oruç ve İlyas korumalık görevini üstlendikleri gemide bir saldırıya uğrarlar. Bu saldırıdan sonra Oruç ve İlyas yeni bir düşman edinirler: Antuan! Daha Baba Oruç ve İlyas İskenderiye'ye dönmeden, kötü haber Venedikli deniz tüccarlarının kurduğu Unita'nın hanına bomba gibi düşer. Antuan; hiçbir ahlaki değeri olmayan, azılı bir düşmandır. Unita'nın İskenderiye sorumlusu Sylvio'nun kızı İsabel, Baba Oruç ve İlyas için endişelense de artık olan olmuştur. Baba Oruç'un karısı Despina'yı yeni heyecanlar beklerken, düşman Antuan hiç beklenmedik bir yerden saldıracak ve kardeşleri can evlerinden vuracaktır. Hızır sır yolunda emaneti alarak başarılı olabilecek mi? Oruç kurulan kumpastan kardeşi İlyas ile birlikte kurtulabilecek mi?