Zeynep'in kocasının öldürülmesi, konakta şok etkisi yaratmıştır. Herkesin gözü Celal Ağa'nın üzerindedir. Ya savaş büyüyecek ya da dökülen kanın diyeti ödenecektir. Celal Ağa, Latif Bey'in sulh için uzanan elini sıkacak mıdır? Kara Ağaç'a dönen Raziye, Sultan'ı baraj hayalinden vazgeçirip bir an evvel geri götürmek derdindedir. Fakat Sultan, tam aksine projeyi hızlandırır. Sultan'ın meydan okurcasına açıkladığı yeni harita, Kara Ağaç'ta dengeleri nasıl değiştirecektir? Merdo'yu kurtarmak için harekete geçen ömer'in önünde, Sultan'ın desteğiyle birlikte yeni bir yol açılır. ömer ve Sultan, ortak bir amaç uğruna yürümeye karar verirler. Artık onlar için Merdo'yu kurtarmak, Kara Ağaç'ın kaderini değiştirmek ile eşdeğerdir.

Merdo'nun teslim olmasıyla, Gülnaz serbest kalır. Latif Bey, olanların hesabını tek tek sormaya başlar. Kara Ağaç'ta, iki büyük aile arasında gerilim iyice tırmanır. Celal Ağa, Latif Bey'in hamlelerini karşılıksız bırakmaz. Ama Latif Bey'in, kendi ailesine uzanacak kadar ileri gidebileceğini tahmin etmemiştir. Bulduğu çaputla, sırrı çözmeye yaklaşan Sultan'ı, Naile durdurur. ömer ve Sultan'ın, Kara Ağaç'ın kaderini birlikte değiştireceklerine dair inançları günden güne pekişir. Artık gördükleri rüyaların gerçek anlamını sorabilecekleri biri daha vardır. Raziye, Kara Ağaç'a dönmüştür.

Sultan'ın, Osman Ağa'nın ölümüyle ilgili söyledikleri ve Merdo'nun Latif Bey'e teslim edilmesi ömer'i hayal kırıklığına uğratır. Merdo adım adım infaza götürülürken ömer, onu kurtarmak için kendi yöntemleriyle hareket etmeye karar verir. Sultan, babasının kendi eliyle yaptığı beşikte beklenmedik bir gizeme rastlar. Bu gizemin peşine düştüğünde beşiğin daha büyük bir sırrın parçası olduğunu anlar. İşin içinden çıkamayınca Sultan'ın yolu Asiye'ye düşer. Asiye bir yandan büyük sırrı açığa çıkarmakla tehdit eden esrarengiz kadınla baş etmeye çalışırken diğer yandan Sultan'ın zorlu sorularına cevap vermek zorundadır. ömer'le arası bozulan Celal Ağa, tek varisinin elinden kaydığını gördüğü anda, tavrını değiştirir. ömer'i kaybetmeyi göze alamayınca Latif Bey ile karşı karşıya gelir. Latif Bey, uğradığı hakaretin karşısında öyle bir hamlede bulunur ki Kara Ağaç'ta dengeler sil baştan değişir.

Rahim'in ölümüyle Kara Ağaç'ta bütün dengeler altüst olur. Latif Bey, yaptığı hamleyle Celal Ağa'yı zor bir durumun içine sokar. çıkmaza giren ömer'e, gördüğü bir rüya yol gösterir. O yolun sonunda karşısında Sultan'ı bulur. Sultan, bir yandan Osman Ağa ile ilgili açığa çıkan sırrın ağırlığıyla savaşırken diğer yandan ise barajla ilgili kararını vermek üzere vicdanıyla baş başadır. Kara Ağaç, ya huzur bulacak ya da kavga, herkesi içine alarak büyük bir yangına dönüşecektir.

Sultan'ın baraj yapımı için gelen bir mühendis olduğunu ilan etmesiyle herkes şok olur. Sultan'ın babası Osman Ağa'nın evine yerleşmesine ses çıkarmayan Celal Ağa'nın başka bir planı vardır. ömer, babasının evlilik baskısına direndikçe onun karanlık yüzüyle tanışır. ömer'in bir diğer sınavı ise Sultan'ladır. Onunla konuşarak hayatını düğümleyen baraj meselesini çözmeye çalışır. Asırlardır birçok sırra şahit olan Kara Ağaç, bu sefer ömer için tarihi bir ana tanıklık eder.

'Nerede bir güzellik varsa orada kavga vardır' misali Kara Ağaç'ın kavgası da Harran'dan gelen genç bir adamla başlar. Harranlı Celal, bir avuç toprak için yakıp yıkmaktan, cana kıymaktan çekinmez. Diğer ağaları saf dışı bırakarak, maraba olarak geldiği Kara Ağaç'ta geniş topraklara sahip, kudretli bir ağa olur. Celal Ağa'nın zulmüne uğrayanlardan biri de Kara Ağaç'a su getirmek için gece gündüz çalışan Osman Ağa'dır. Osman Ağa'nın karısı Raziye ve Celal Ağa'nın karısı Asiye Hatun hamiledir ve ikisinin de aynı anda doğumu başlar. Kara Ağaç'ın geleceği dünyaya aynı anda gelen iki bebek 'ömer' ve 'Sultan' ile dönüşü olmayan bir şekilde değişir. Yıllar geçer, ömer herkes tarafından sevilen, Kara Ağaç'ı daha mamur hale getirmek için canla başla uğraşan bir genç olur. Yörede çökmesi uğursuzluk sayılan deve, yaklaşan fırtınanın habercisi gibidir. Sultan ise yıllar sonra Kara Ağaç'ın sonunu getirecek bir haberle geri gelir. Böylelikle ömer ile Sultan'ın kaderleri yeniden kesişir.