Yiğit Efe Mevlevi hanenin önünde Şirketin ajanları tarafından çember altına alınmıştır. Kambur ve İkiz Kapı Muhafızları, Yiğit Efe’yi kurtarırlar. İlk anahtarın iyi konseye geçmesi Hakan’ı öfkelendirir. Daha sert bir hamlenin planlarını yapar. Selimden kalan bilgisayar nihayet Aslan’ın eline geçer. Ama bilgisayar açıldığında Aslan’ın kardeşine kavuşma umutları söner. Bilgisayarın hafızasını silen Atlas suçu Aslan’ın üstüne atar. Hafıza kaybı yaşadığı için kötü olan Aspar, Aslan’ı disipline sevk eder. Yiğit Efe ve arkadaşları ikinci anahtarın izini Altın Kapı'da bulur. Zeynep ve Yiğit Efe anahtarı almak için Altın Kapı'ya gelirler. Celal onları büyük bir tuzağa doğru çeker. Yiğit Efe’ye zarar vererek tutsak odalarına kapatır. Yiğit Efe’nin akıbeti belli değildir.

Yiğit Efe, Fatih’in hain olduğunu düşünürken duyduğu bir gerçek her şeyi değiştirir. Fatih devletin gizli konseyine bağlı bir ajandır. Bu büyük itiraf hem Yiğit Efe hem de arkadaşları için şok etkisindedir. Diğer yandan Selim’den kalan bilgisayar Atlas’ın eline geçer. Atlas bilgisayarda Aslan’ın kayıp kardeşinin kim olduğunu öğrenir. Bu sırrı kendine saklar ve bütün izleri siler. Yiğit Efe ve arkadaşları ilk anahtara ulaşma yolculuğunun sonuna gelir. Gizli yazıların şifreleri ayetin içine saklanmıştır. Fatih ve Yiğit Efe ilk anahtarı almak için Mevlevihane’ye gelirler. Ama Şirketin karanlık ajanları her yeri kuşatmıştır. Yiğit Efe tehlike çemberinin ortasında kalır.

Yiğit Efe ve Aslan kaptırdıkları çantayı Kambur’un elinden almayı başarırlar. Kambur kaçarken geride büyük bir gizem bırakmıştır. Kambur’u Yiğit Efe ve Aslan’ın peşine takan kişi ise sürpriz bir isimdir. Geceleri okulda dolaşan hayalete benzeyen varlık hala gizemini korumaktadır. Okul müdürü Zümrüt, hayaletin kim olduğunu bulmak için okulda arama yapar. Ancak arama sırasında Yiğit Efe’deki taş ortaya çıkar ve Zümrüt’ün eline geçer. Aslanlar ve Kırlangıçlar taşı tekrar almak için planlar yaparken Kara Kobralar ve Celal de taşın peşindedir. Kara Kobralar yaptıkları planla Yiğit Efe ve Aslan’ı tuzağın içine çekerler. Birbirini zincirleme takip eden olaylar Yiğit Efe’yi adım adım Fatih’in evine götürür. Yiğit Efe Fatih’in gerçekte kim olduğunu öğrenir. Bu gerçek herkes için şok etkisindedir.

Yiğit Efe ve Fatih eve giren Celal’i hırsız zannederler. Celal son anda kaçıp kurtulur. Yiğit Efe ve Aslan, Fatih’in evinde düşürdükleri mühürlü kitabı bularak okula dönerler.Ertesi sabah okulda İHA şampiyonluğu kutlamaları yapılır. Diğer yandan okulda gizemli ve tuhaf şeyler yaşanır… Müge o gece bir hayalet gördüğünü iddia eder. Sadece Müge değil başka öğrenciler de görmüştür… Bu olay okulda tam bir kaos ortamı yaratır. Aslanlar ve Kırlangıçlar geceleri okulda dolaşan gizemli varlığın peşine düşerler.Yiğit Efe İkiz Kapıya ulaşmak için gizli şifrelerden birini daha çözer… Çözülen şifrenin izleri Edirne Kapı Tepesini işaret etmektedir… Aslan’la birlikte Edirne Kapı Tepesine giderler. Ama Atlas onları adım adım takip etmiştir. Sadece Atlas değil gizemli bir Kambur’da Yiğit Efe’nin peşindedir. Yiğit Efe aradığı gizli yazıyı bin yıldır yaşayan bir çınar ağacında bulur. Ama gizemli Kambur ve Atlas tarafından kıskaç altına alınırlar. Surdan çıkardıkları değerli taşı Kambura ve Atlas’a kaptırmışlardır.

Fatih, çocukları şirketin adamlarının elinden kurtarır ve tekrar okula getirir. Ama Atlas, Kırlangıçların ve Aslanların okuldan çıktıklarını Müdüre Zümrüt’e ispiyonlamıştır. Çocuklar okuldan atılma cezasının sınırına gelirler.

Fatih’in Yiğit Efe’nin babası olduğu gerçeği açığa çıkmıştır. Ama Yiğit Efe ve Celal’in gerçeği öğrenip öğrenmedikleri konusunda çok endişelidir. Fatih sınav etkisindeki bu eşiği çok zor geçer. Yiğit Efe, Zeynep ve Tonguç, Fatih’in evinden okula döndüklerinde tatsız bir sürprizle karşılaşırlar. Aslanlar, Kırlangıçların kendilerinden gizli bir şeyler çevirdiklerini iddia ederler. Henüz birleşen takım tekrar ayrılma noktasına gelir. Hakan ise oğlu Atlas ve evlatlığı Pera’ya yeni görevlerini verir. Atlas ve Pera bundan sonra okulda yatılı kalacaklardır. İlk hamleleri Tonguç’un saatine mikro böcek yerleştirmek olur. Bu sayede rakip takımın attığı her adımdan haberdar olurlar. Türkiye Teknoloji okulunu yarış heyecanı sarmıştır. Kırlangıçlar, Aslanlar ve Kara Kobralar sabit kanatlı İHA yarışı mücadelesine hazırlanır. Yiğit Efe’de mühürlenen iki bilekliğin gizli gücü aylar sonra ilk kez aktive olur. 12 anahtara ulaşmanın ilk ipucu, ‘’7‘’ sayısı ile gelir. Kırlangıçlar ve Aslanlar 7 rakamının içine gizlenen sırrın peşine düşerler. Aradıkları sır şifreli yazılardır. Bu yazılar yaşadıkları yedi tepeli şehrin tarihi mekanlarında saklıdır. İlk uğrak yerleri Sarayburnu Tepesindeki Milyon Taşı olur. Ama oraya ulaştıklarında kendilerini büyük bir tehlikenin ortasında bulurlar. Şirkete hizmet eden Hakan’ın adamları tarafından köşeye sıkıştırılırlar.

Yiğit Efe bu yaz teyzesi ve anneannesini kaybeder. Zeynep’in ailesi ise yaşadıkları mahalleden başka bir şehre taşınmıştır. Türkiye Teknoloji okulu yeni binasındadır artık. Yiğit Efe okuluna adımını attığı an hayatına yeni dostlar ve yeni düşmanlar dahil olur. Zeynep sürpriz bir şekilde okuluna döner. Aslanlar ve Kırlangıçlar birleşme kararı alır. Okula Atlas adında yeni bir öğrenci gelmiştir. Atlas daha Yiğit Efe’nin karşısına rakip olarak çıkar. Yiğit Efe’nin bundan sonraki rakibi Atlas ve grubu ‘’Kara Kobralar’’ olacaktır. Okul müdürü sağlık sorunları nedeni ile görevinden ayrılmış, yerine Zümrüt adında yeni bir müdür atanmıştır. Okula Fatih ve Celal adında iki yeni hoca gelir. Fatih Kırlangıçların ve Aslanların, Celal ise Kara Kobraların rehberi olur. Yeni rehberler okula sırları ile birlikte gelmişlerdir. İkisi de ajandır… Şimdilik kimin iyi kimin kötü tarafta olduğu belli değildir. Yiğit Efe, Fatih’in Hakan tarafından okula sızdırılmış şirket ajanı olduğundan şüphelenir. Taş kapının akıbeti ise belli değildir. Bu konuda gözler Yiğit Efe’dedir. Ama Yiğit Efe kısmı bir hafıza kaybı yaşamaktadır ve o anları hatırlamıyordur. Hafızası yavaş yavaş yerine gelir. Kırlangıçlar ve Aslanlar İkiz kapının varlığından haberdar olur. Bundan sonra el ele verip ikiz kapının peşine düşeceklerdir. Okul çıkışı Atlas’ın ailesi onu almaya gelir. Ama eve girdikleri an herkesi şok edecek bir gerçek açığa çıkar. Diğer taraftan Yiğit Efe Fatih’ten şüphelendiği için okul çıkışı onu takip etme kararı alır. Fatih’in evinde sürpriz bir misafiri vardır. Yiğit Efe Fatih’in evine ulaştığında onun gerçek kimliğini öğrenmesine ramak kalmıştır.

Selim ve Sevgi, Hayalet'in Korkut olduğunu öğrendikten sonra Lütfi ve okul yönetimine haber vermek için yola çıkarlar. Hep birlikte gizli bir plan yapıp Hayalet'i yakalamaya çalışacaklardır. Yiğit Efe'yi bu planın dışında tutup korumaya çalışırlar fakat Yiğit Efe karşı çıkar. Bilekliğin gücü sebebiyle Hayalet'e direnecek tek kişinin kendi olduğunu bilmektedir. Lütfi ve öğretmenler bu öneriyi kabul etmezler. Bir an önce öğrencileri korunaklı bir yere götürüp, Hayalet'i gizlice yakalamaya çalışacaklardır. Selim ve Aspar, bilekliğin gücünü engelleyecek bir kelepçe yapmaya başlarlar. Fakat Hayalet kendisine kurulan tuzağı anlar. Şirket ajanları ve Lütfi'nin korumaları okul içerisinde çatışmaya başlar. Bu sırada Kırlangıçlar ve Aslanlar kendilerini Hayalet'ten gizlerler. Fakat Yiğit Efe ve Hayalet karşı karşıya gelecek ve antik kapıya doğru gideceklerdir. Selim ve Aspar, Hayalet'i yakalayabilecek mi? Öğretmenler ve öğrenciler Şirket ajanlarına karşı koyabilecekler mi? Hayalet, Yiğit Efe'yi antik kapıyı açmak için ikna edebilecek mi? Sır dolu kapının arkasında ne var?

Kırlangıçlar Şirket operasyonuna engel olmuşlardır fakat öğretmenler gördükleri karşısında oldukça korkmuşlardır. Okulun tehlike altında olduğunu düşünürler. Bu sebeple daha dikkatli davranıp, güvenliği arttırmak üzere çalışmalar yaparlar. Selim ve Sevgi ise Efsaneler grubunun üyeleri tarafından kandırıldıklarını anlayıp arayışa girerler. Fakat bu sefer hedefler ve sonuçlar düşündüklerinden çok farklı çıkacaktır. Bu sırada Güneş ve Şahin, Aslan'ın onlara veda ettiği videoyu Kırlangıç'lara gösterirler. Aslan hiçbir açıklama yapmadan gitmesine inanamazlar. Yiğit Efe, Aslan'ın okulu bırakmasına inanmaz. Çeşitli zorluklar sonucu kaçırıldığı yeri bulur. Beklenmedik durum ise planın yalnızca Şirket'e ait olmamasıdır. Selim ve Sevgi, Hayalet'in kim olduğunu bulabilecek mi? Aslan'ın alıkonulmasının sebebi ne? Kırlangıçlar, Aslan'ı kurtarabilecek mi?

Kırlangıçlar takip ettikleri Tekin'i, Hayalet şapkasıyla görürler. Tekin'in Hayalet olduğunu düşünürler fakat ellerinde hala net bir sonuç yoktur. Bu bilgiler Selim ve Sevgi'ye farklı bir izleme operasyonu amacı verir. Tekin'in bir yerde kendini açık edeceğini düşünüp sıkı bir takibe başlarlar. Bu sırada okuldaki öğretmenler teker teker kaybolmaya başlar. Haber alınamaması sonucu endişeler artar. Şirket, öğretmenleri kaçırıyor diye şüphelenirler. Sevgi'nin de kaybolması zamanlarının daraldığına işaret etmektedir. Yiğit Efe, çevresinin zarar göreceğini bildiğinden duruma müdahale etmeye hazırlanır. Öte yandan Aslan, kardeşinin fotoğrafıyla derin düşüncelere dalmıştır. Zeynep'i kardeşine benzetir ve o olduğundan şüphelenir. Bu sebeple Aslan kararsız halde ne yapacağını bilmeden Zeynep'i dikkatlice izlemeye başlar. Yiğit Efe, Hayalet'in planı karşısında ne yapacak? Tekin'in gerçeği nasıl ortaya çıkacak? Sevgi ve öğretmenler kurtulabilecek mi? Aslan, kardeşini nasıl bulacak? Aslan ve Zeynep kardeş mi?

Kırlangıçlar, Selim ve Sevgi, Efsaneler grubunun öğrencilik fotoğrafını bulurlar. Gördükleri kişi Tekin'in gençliğidir. Hayalet'in Tekin olduğunu düşünerek üstüne gitmek isterler fakat Selim sakin davranmaları gerektiğini söyler. Bildiklerini belli ederlerse Hayalet büyük bir saldırı gerçekleştirebilir. Tekin'in Hayalet olduğunu teyit etmeleri gerekmektedir. Siyah bilekliği görmeye çalışırlar fakat Tekin kolunu sakatladığını söyleyerek bileğini saklamıştır. Kolunu açtıramayınca bilekliğin ani refleksini ölçmek için farklı planlar yapmaya başlarlar. Öte yandan Yiğit Efe'nin bilekliği dengesiz hareket etmeye başlar. Çevresindekilere zarar verir. Yiğit Efe, soğurucu yardımıyla bilekliği kontrol altına alabileceklerini düşünür. Fakat bunun için Şirket laboratuvarına girmeleri gerekmektedir. Yiğit Efe, Aslan'dan yardım ister fakat Aslan'ın bir şartı vardır. Kardeşinin izini bulmak için bilekliği kullanmasını ister. Aslan, kardeşini bulabilecek mi? Yiğit Efe bilekliği kontrol edebilecek mi? Tekin'in Hayalet olduğu teyit edilecek mi?

Okul takımlarının İlkbahar spor turnuvasında gösterdiği üstün çaba ve başarıları, okul yönetimi tarafından kutlanmak istenir. Bu sebeple öğretmenler ve öğrenciler doğa kampına giderler. Herkesin mutluluğunun yanında Yiğit Efe derin kaygılara girmiştir. Bilekliğin bozucu özelliğinden dolayı kolu şişmiş ve tahrip olmuştur. Aynı zamanda Hayalet, Yiğit Efe'ye antik kapının açılması için baskı yapmaktadır. Yiğit Efe'nin uzlaşmaması üzerine Hayalet, tüm çocukların tehlikeye gireceği bir plan hazırlar. Yiğit Efe bilekliğin kontrolünü alıp müdahale edebilecek mi diye öğrenmek ister. Öte yandan Selim ve Sevgi, Efsaneler grubunun dördüncü üyesine çok yaklaşmıştır fakat ulaşamazlar. Ta ki bu kadın kendini gösterip, Hayalet ile bilgi vermeyi kabul edene kadar. Hayalet'in kim? Yiğit Efe'yi bekleyen bileklik tehlikesi ne? Hayalet'in kötü planı nasıl olacak? Yiğit Efe arkadaşlarını kurtarabilecek mi?