Düşmanlar bir bir yenildikçe, karanlığın içinden yeni tehlikeler yükselmeye devam ediyor. Her defasında hain planları boşa çıkaran Teşkilat, bu kez hiç olmadığı kadar büyük bir savaşın eşiğinde. Ekibe katılan Eylül ve Buğra ile birlikte, göreve başlayan Başkan Cevher de güce güç katıyor. Bu birliktelik, düşmanın gerçek amacını açığa çıkarmak için verilen mücadeleyi daha da büyütürken; Korkut kendi yolculuğunda geçmişin izleriyle yüzleşmek zorunda kalıyor. Altay ise hainlerin kurduğu tuzaklara karşı harekete geçtiğinde, karşısına çıkan isim tüm dengeleri değiştirecek: Rutkay’ın sağ kolu Hilal. Altay ile Hilal arasındaki sarsıcı karşılaşma, onun en büyük sınavına dönüşüyor. Her zamanki gibi düşmanlarından bir adım önde olan Teşkilat, karşısına çıkacak her türlü zorluğa hazır. Ancak bu kez savaş yalnızca sahada değil, kalplerde de verilecek.

Patlamanın ardından Albay Nazım’ın ölümüyle Altay büyük bir darbe alır. Kate’in planına ulaşmak için Altay ve ekibi yeni bir operasyona hazırlanırlar. Kate, parçaları birleştirdiğinde Korkut’un Teşkilat mensubu olduğunu anlar. Korkut hakkında yanılması, onu daha da acımasız bir hale getirir. Kate, hem Altay hem de Korkut için yeni bir tuzak kurmaktadır. Ejder gemiyle ilgili bilgi edinmeye çalışırken dikkat çekmemeye özen gösterir; ancak beklenmedik bir sorunla karşılaşır. Altay ve Korkut, ülkede yaşanacak felaketi önlemek için büyük riskler alırlar. Zaman onların aleyhinedir, fakat bu uğurda canlarını vermeye hazırdırlar.

Çatışma sırasında Kate, uranyum bombasını kaçırmıştır. Ekip bombayı kimin kaçırdığını tahmin ettikten sonra Kate’in peşine düşer. Bu sırada hala deşifre olmayan Korkut, Kate’in yanında gibi görünerek onun planlarını Karargah’a ulaştırır. Altay, Korkut’un yardımıyla Kate’in bombayı sakladığı yeri öğrenmeye çalışırken düşmanın en yakınındakilerini hedef alır. Kate’in acımasız hamleleri devam ederken Altay onu durdurmak için elinden geleni yapacaktır.

Panter, Akif Başkan’ın helikopterini patlatmıştır. Büyük bir darbe alan Altay ve Korkut intikam ateşiyle düşmanların peşine düşerler. Altay kendisi gibi büyük bir acı yaşayan Korkut’a destek olur. Korkut her ne kadar Kate’e, yaptıklarının cezasını vermek istese de görevi gereği onun yanında oyuna devam etmelidir. Bütün ekipler Altay’ın liderliğinde operasyona hazırken, Altay düşmanla yüzleşmeye çok yakındır.

Altay gelen uyarının Albay Nazım’dan olduğunu anlar ve durumu derhal Akif Başkan’a haber verir. Gökpençe’nin güvenliği kontrol edilirken Altay olası tehlikenin peşindedir. Linda’ya ulaşan Korkut onun planlarını öğrenmek için yeni bir oyun kurar. Bir taraftan da Akif Başkan’dan aldığı emirle Korkut yeniden yeraltına döner. Linda ve Kate, Türkiye’ye saldırmak için güçlerini birleştirme kararı alırlar. Altay ve Korkut iki koldan düşmanın planını engellemeye çalışırken Ejder de yapılan hamlelerin merkezindedir.

Altay gelen uyarının Albay Nazım’dan olduğunu anlar ve durumu derhal Akif Başkan’a haber verir. Gökpençe’nin güvenliği kontrol edilirken Altay olası tehlikenin peşindedir. Linda’ya ulaşan Korkut onun planlarını öğrenmek için yeni bir oyun kurar. Bir taraftan da Akif Başkan’dan aldığı emirle Korkut yeniden yeraltına döner. Linda ve Kate, Türkiye’ye saldırmak için güçlerini birleştirme kararı alırlar. Altay ve Korkut iki koldan düşmanın planını engellemeye çalışırken Ejder de yapılan hamlelerin merkezindedir.

Teşkilat başarılı bir hamleyle Kraliçe’yi ortadan kaldırır fakat ekip tehlikenin devam ettiğinin farkındadır. Altay uranyumların peşindeyken yeni bir saldırının planlandığını öğrenir. Korkut ve Hamdi de Ejder’in nerede saklandığını bulmaya çalışırlar. Bu sırada Akif Başkan’dan gelen emirle onlar Altay ile birlikte yapılacak saldırıyı önlemek için harekete geçerler. Altay tehlikeyi savuşturmaya çalışırken yeni düşman harekete geçer. Bu düşman hain planlar peşindeyken Altay’a gereken destek yetişecektir.

Altay, Kate’in yaptığı bütün kötülüklerin intikamını almak üzeredir. Kate ise kendi canını kurtarmak için zaman kazanmaya çalışır. Bu sırada Kate’e gelen destek Altay’ın etrafını sarar. Korkut ve Hamdi, General’e ulaşıp Kate ile ilgili önemli bilgiler edindikleri sırada tuzağa düşerler. General’in ikili için çok farklı planları vardır. Fakat Korkut ona karşı asla pes etmeyecektir. Altay, Kate’in yaptıkların cezasının çekmesi için mücadeleye devam eder. Kate her ne kadar onu atlatmaya çalışsa da Teşkilat düşmanın oyununu bozacaktır.

​​Kraliçe yaptığı hamleyle resmen kendi sonunu hazırlamıştır. Altay ve timi onu yakalamak için hazırlanır ve Kraliçe’nin telefon sinyalinin gösterdiği konuma doğru hareket eder. Altay, Kraliçe’nin peşindeyken Korkut da Hamdi ile birlikte Ejder’i almaya gider. Ancak ne olursa olsun deşifre olmamak için önlemlerini sürdürmektedir. Ejder, Kraliçe’yi ülkeden çıkarmaya çalışırken Altay ve Korkut onları takiptedir. Altay en büyük düşmanıyla yüzleşmeye adım adım yaklaşmaktadır.

Ejder, Albay Nazım sanılan adamı yakalamıştır. Altay onların peşindeyken ekip ondan teyit beklemektedir. Ama ondan gelen yanıt olumsuz olur. Ejder’in elindeki adam Albay Nazım olmasa da Altay onun önemli biri olduğunun farkındadır. Korkut ve Hamdi, Ejder’in hazırladığı tuzağa düşerler. Düştükleri durum her ne kadar zor olsa da buradan çıkış yolu bulmak zorundadırlar. Altay ve Korkut güçlerini birleştirerek düşmana karşı mücadele ederken Kraliçe’nin onlara karşı hamleleri devam eder. Altay bir kez daha Kate’in hain planıyla karşı karşıya kalacaktır.

​​Altay tam Kraliçe’yi yakalayacakken Teşkilat, Kraliçe’nin Albay Nazım’a ulaştığını öğrenmiştir. Ekip, Altay’ı durdurmaya çalışır fakat bağlantı kopmuştur. Korkut’un öğrendiği bilgi herkes için büyük önem taşımaktadır. Onun bir sonraki amacı ise Ejder’i Kraliçe’nin gözünden düşürerek saf dışı bırakmak ve Kate’in adımlarından haberdar olmaktır. Altay ve ekip bu konuda Korkut’a yardım edeceklerdir. Albay Nazım’a ulaşmak için Fırtına, Kraliçe tarafında harekete geçerken Kurtbey de onun hep bir adım gerisindedir. Altay öğrendikleri ipuçları ile hedefe doğru ilerlemektedir.

Altay sonunda Kraliçe’nin Kate olduğunu öğrenir. O bu gerçekle karşı karşıya kalmışken Korkut’un da hayatı büyük tehlikededir. Altay ve Neslihan yaşadığı şoku geride bırakarak Korkut’a yardım etmeleri gerektiğinin farkındadırlar. Kate, Korkut’un sadakatinden emin olamadığından onu kendisi için tehlike olarak görmektedir. Korkut ise Kraliçe’nin güvenini kazanmak için büyük bir riski göze alacaktır. Kurtbey ve Fırtına nihayet tanışacaktır. Onlar iki koldan düşmanı bozguna uğratmayı hedeflerken bu güç birliği bütün dengeleri değiştirecektir.