Ekip havalimanı saldırısı sonrası ortaya çıkan yeni duruma uyum sağlamaya çalışırken Elçi'nin gelişi tüm dengeleri değiştirir. Ekip, Nemesis'le bağlantılı olduğunu düşündükleri Elçi'yi bulmak için operasyon düzenler. Bu operasyon sayesinde yeni bir bilgiyi ortaya çıkarılır. Serdar ve Elçi arasında nasıl bir bağlantı vardır? Diğer yanda Hakkı ve Uzay, Barış'ın masumiyetini kanıtlamak için ipuçlarının peşine düşer. Uzay'ı yeni sürprizler beklemektedir. Yıldırım ve Elçi planlarını devreye soktuklarında ise ekibimizin yapacağı hamle taş üstünde taş bırakmayacaktır.

Havaalanına yapılan baskın ülke gündemine bomba gibi düşer. Ekip bu baskını bertaraf etmek için dört koldan çalışmalara başlar. İçeride olan Serdar, hem rehineleri hem Zehra'yı kurtarmaya çalışırken büyük bir tehlikenin geldiğinden habersizdir. Saldırıyı yapanların amacı görünürde Doğu Akdeniz sözleşmesi gibi dursa da sürpriz olaylar karargahta bomba etkisi yaratır. Bu saldırı gerçekten bir terör saldırısı mıdır? Yıldırım'ın planıyla beraber devreye giren maskelilerin yeni oyunları tahmin edilenden çok daha büyüktür. Nemesis için düğmeye basılmıştır. Serdar'ı ve tüm ekibi artık daha zorlu bir yolculuk beklemektedir. Ve bu yolculuk geçmişin de kapılarını açacaktır.

Libya'da sağlanan büyük başarının ardından Ankara'ya dönen ekibi yeni bir sürpriz beklemektedir. Yıldırım'ın yeni hamlesi hem Nemesis'in ilk adımı hem de ekip için zorlu olayların başlangıcı olacaktır. Yıldırım'a karşı büyük bir adım atan ekip kendilerini tüm ülkeyi etkileyecek olaylar silsilesinin içinde bulur. Yıldırım büyük planı için ülkeyi kaosa sürükleyecek düğmeye basar. Tüm bu sürecin içinde Serdar bir anda ortadan kaybolur. Serdar'ın geri dönebilmek için zorlu yolları aşması ve tüm ekibin de başarılı olmaktan başka çaresi yoktur.

Libya'da gerçekleşen patlama Halit ve ekibi zor durumda bırakır. Libya'dan çıkış için yeni bir plana ihtiyaç vardır. üstelik ekibin Doğu Akdeniz'deki anlaşmayı tamamlaması için kurtarması gereken çok önemli biri vardır. Bunun için Serdar ve Zehra'nın Almanya'da işleri yoluna koyması gerekmektedir. Serdar'ın yaşadıklarına dair tüm gerçeklerin ortaya çıkacağı bir anda Ceren devreye girer. Yıldırım'ın planıyla Serdar ve Zehra kendilerini yeni bir bilmecenin içinde bulur. İkili Libya'daki problemi çözmek için Ceren'in de içinde bulunduğu yeni bir oyun kurar. Bu oyun tüm ekibin kaderini değiştirmek üzereyken devreye davetsiz bazı misafirler girer.

“Masal gibi bir düğünün ardından Dilek ve Taner'i balayına göndermek isteyen Halime kolları sıvar... Halime'nin çabaları sonucunda Dilek ve Taner'i nasıl bir balayı beklemektir? Diğer yandan Kenan'a ulaşamayan Elif, endişeyle onu aramaya başlar. Elif'in çabalarının sonuçsuz kalmasıyla Ciritçi Abdullah ve ailenin kalanı da arama çalışmalarına dahil olur. Kenan'ın ortadan kaybolmasının ardından aileyi bekleyen sürpriz ne olacaktır? Asya'nın kaçtığını fark eden Mezarcı İlyas ve oğulları, soluğu Ramazan'ın evinde alır. Yaşanan bu olaylar sonucunda Ramazan ve Asya nasıl bir maceraya sürüklenecektir?”

Ekip Yağmur'un kurtarılmasıyla mutluluk yaşarken Ebru'ya düzenlenen saldırının haberiyle sarsılır. Uzay, Ebru'nun ve bebeğin sağlığı için endişelenmektedir. Zorlu ve uzun bir ameliyatın sonucunda gelen acı haber herkesi derin bir üzüntüye boğar. Saldırının failinin bulunması için tüm birimler seferber edilir. Hakkı elde edilen ipuçları sonucunda failin izini sürer ve öğrendiği gerçekle hayatının en zor kararını vermek zorunda kalır. Boş durmayan Yıldırım ise yabancı büyükelçilerle yaptığı görüşme sonucunda Doğu Akdeniz'de Türkiye'yi köşeye sıkıştıracak yeni planı için harekete geçer. Moskova'da Şirket yetkililerinin de katılacağı Doğu Akdeniz konulu gizli toplantının istihbaratıyla Ankara hareketlenir. Serdar ve Zehra bu toplantıya katılan kişilerden birini ele geçirmek için plan kurar.

Ariel'in alınmasıyla zor duruma düşen ve Şirket'le ilişkileri bozulan Yıldırım, İsrail'de yaşananların intikamını almak için harekete geçer. Ekip Ceren'in para dolu bir çanta bıraktığı adam üzerinden kurgulanan planın ne olduğunu çözmeye çalışırken, bu gizemli adamın aslında Yağmur'un peşinde olduğu ortaya çıkar. Yağmur'un kaçırılmasının ardından ekip kenetlenir ve dört koldan çalışmalara başlar. Ancak hiç beklemedikleri olaylar ekibi zor durumda bırakacaktır. Pınar, Yağmur'un kaçırılmasıyla ilgili bir ipucu bulmak ümidiyle çetin'e gittiğinde öğrendiği gerçek daha büyük bir tehdidi açığa çıkarır. Yağmur'u kaçıranların yaptığı teklif karargahta büyük bir yankı uyandırır.

Serdar ve Zehra'nın ele geçirdiği Ariel, gemiden çalınan gizli verilerin yerini söylemesi karşılığında canının bağışlanması için yalvarır. Hakkı ve Hulki, yanlarındaki Yusuf'la birlikte alarm durumuna geçmiş hapishaneden çıkış yolu aramaktadırlar. Hapishaneden kaçmayı başarırlar ancak İsrail'in en çok aranan isimleri haline gelirler. Krizlerle dolu büyük bir kaçış operasyonu onları beklemektedir. çetin ve Pınar'ın yıllar sonra gerçekleşen karşılaşmalarının ardından Pınar'ın kafası oldukça karışır. Pınar yaşadığı gelgitlere rağmen her ne pahasına olursa olsun Yağmur'u korumak zorundadır. Serdar ve Zehra, Ariel'in verileri sakladığı yere giderken peşlerine yabancı istihbarat takılır. İsrail'deki Türk büyükelçiliğine yanlarındaki Ariel'le birlikte girmek zorunda kalan Serdar ve Zehra, uluslararası çapta büyük bir diplomatik kriz riskinin ortasında kalırlar.

Ekip Suriye'deki başarılı operasyonun ardından gemi saldırısının arkasındaki tüm işbirlikçileri etkisiz hale getirmek için harekete geçer. Saldırının asıl planlayıcısı Ariel'e ulaşmak diğerlerine göre çok daha zordur çünkü Ariel İsrail'e kaçıp ortadan kaybolmuştur. Ariel'in peşini bırakmayan ekip, hedefe ulaşmanın tek yolunun İsrail'de hapishanede bulunan Ariel'in eski şoförünü ele geçirmek olduğunu öğrenir. Hapishaneye sızan Hakkı ve Hulki'yi zorlu bir mücadele beklemektedir. Serdar ve Zehra ise İsrail'de peşlerine takılan yerel istihbaratı atlatmak için yaratıcılıklarını kullanmak zorundadır. Ekip İsrail'deyken, Pınar, Halit Başkan'ın talimatıyla Yıldırım'a ulaşmak için yeni bir oyun kurar. Bu oyun Pınar'ın geçmişine açılan kapının anahtarı olacaktır.

Zehra, Mete Başkan sayesinde kurtulur. Serdar'ın kayıp 1.5 ayında yaşananların gizemini çözmek isteyen Zehra bu işin peşini bırakmamaya kararlıdır. Ceren ve Yıldırım'ın buluşması Serdar'ı başka bir yola sürüklerken parçalar yavaş yavaş yerine oturmaya başlar. Mete Başkan'ın dönüşüyle büyük bir sevinç yaşayan ekibi önemli ve zorlu bir görev beklemektedir. Gemi saldırısından sorumlu olan Ariel'in peşine düşen ekip, Suriye'de büyük bir sürprizle karşılaşır.

Komisyon toplantısında Simon'a düzenlenen suikast girişiminin ardından devletin üst düzey kademelerinde olağanüstü hâl ilan edilir. Tüm komisyon üyeleri olağan şüpheli olarak değerlendirilirken ekip suç aletini bulmak için hummalı bir çalışmaya girişir. Olayı aydınlatmanın tek yolu suikastı gerçekleştiren David'i açığa çıkarmaktır. Kızına kavuşmak için evine dönen Zehra eski eşi Kemal'in bilgisayarında bulduğu görüntülerle şoke olur. Zehra, Serdar'ın kayıp bir buçuk ayına ışık tutan bu görüntülerin peşine düşüp sır perdesini aralamaya karar verir. Türk devletini köşeye sıkıştırmak isteyen Yıldırım, David'in yakalanmasını engellemek için çetin'i görevlendirir. Ceren açığa çıkmamak için eski hayatına dönerken, Serdar'ın Ceren'le ilgili şüpheleri sürmektedir.

“Teşkilat”ın on yedinci bölümünde, gemi saldırısının tek faili olan Simon'u almak için Güney Kıbrıs'a giden ekip uğradıkları saldırıdan kaçarken girdikleri mayınlı arazide ölüm kalım savaşı vermektedir. Türkiye'ye karşı ağır yaptırımların görüşüleceği komisyon toplantısının arifesinde Simon'un komisyonun önüne çıkmasını engellemek isteyen Yıldırım planlarını devreye sokar ve yeni sağ kolu çetin'i sahaya sürer. Zehra'nın ekipten ayrılma kararı karargahta bomba etkisi yaratır. Kızıyla birlikte yeni hayatına başlamaya hazırlanan Zehra'nın bu kararını etkileyecek beklenmedik bir gelişme yaşanır. Simon'u ele geçirmek için ekiple işbirliği yapan Ceren'in neyi amaçladığı ekip içinde tartışma konusu olur. Ceren'in herkesten sakladığı büyük bir sırrı vardır. Serdar'ın baskıları sonucunda Ceren'in büyük sırrını açıklamasıyla tüm dengeler değişecektir.