İskender Şipşok'un etkisinde kalmıştır ve hareket edememektedir. Zamanbozanlar İskender'in süper güçlerini yok ettiklerini düşünerek kaçmayı başarırken, Ahriman arkada kalarak Zamanın çocuğu ile arasındaki husumeti tamamen ortadan kaldırmak ister. Lakin hesaba katmadığı bir şey vardır; o da İskender'in yalnız olmadığıdır. Günümüze geri döndüklerinde hem Tozkoparanları hem de Zamanbozanları büyük sürprizler beklemektedir. Mavi Ay Türk Sporları saldırıya uğramıştır. Pelin ve Bora, bu durum karşısında tüm Pençe öğrencileri önünde Cenk, Efsun ve Haluk'a açıklama yapar. Asya ve Sinan saldırıdan Pençe'yi sorumlu tutsa da Salih elde kanıt olmadan acele hareket etmemek gerektiğini öğütler. Mavi Ay bir delil elde edebilmek için Pençe'yi gözetim altında tutarken, İskender'in telefonuna kimliği belirsiz bir kişiden gelen mesaj onu Mavi Ay'ın yanından uzaklaştırır. İskender'i ortadan kaldırmak isteyen Ahriman'ı neler bekliyor? Pelin ve Bora yaptıklarının karşılığında nasıl bir tepki görecek? Mavi Ay saldırıyı Pençe'nin gerçekleştirdiğini ispatlayabilecek mi? İskender'in süper güçleri yok oldu mu? İskender'e gelen gizemli mesajı kim attı, mesajda neler yazıyor?

Zamanbozanlar sonunda Zamangaç'ı tamir etmeyi başarmış ve on beşinci yüzyıla dedeleri Ahriman'ı kurtarmaya gitmişlerdir. Tozkoparanlar için bir kez daha iş başa düşer. Fikri'nin yeni yaptığı zaman makinesini daha önce hiç denememiş olması, günümüze bir daha hiç dönememeleri riskini de beraberinde getirir. İskender bu riski göze almaları gerektiğini söyler ve arkadaşlarıyla birlikte on beşinci yüzyıla gider. Zamanbozanlar dedeleri mühendisbaşı Ahriman'ı kaçırıp kurtarmak için çoktan harekete geçmiştir. Tozkoparanlar'ın ise mühendisbaşının izini bulmak için Martakçı Nasuh'un yardımına ihtiyaçları vardır. Zamanbozanlar dedeleri Ahriman'ı kurtarmayı başarabilecek mi? Matrakçı Nasuh, Tozkoparanlara yardım edecek mi? Haluk'un icadı Şipşok, bu kez düzgün çalışacak mı? İskender, Zamanbozanları durdurmayı başarabilecek mi?

Haluk sonunda Zamangaç'ı çalıştırmayı başarsa da işler kontrolden çıkar ve Zamanbozanlar bilmedikleri bir yere ışınlanırlar. Cenk, Efsun ve Haluk neler olup bittiğini anlamaya çalışırken Tozkoparanlar Rüya'nın çalınan çantasının peşine düşer. İçinde Zamanbozan kitabıyla birlikte çalınan çantanın yeri Asya'nın teknolojik dehası sayesinde tespit edilir. Yapılan iş bölümüne göre İskender, Salih, Rüya ve Sinan hırsızın peşine düşerken Asya, Elif ve Arda Mavi Ay Türk Sporları'nın açılışı için afiş hazırlamaya mekana çeki düzen vermeye girişirler. Ancak Pelin ve Bora bu yolda Asya, Arda ve Elif'e zorluklar çıkarırken; Haluk, Efsun ve Cenk'in Zamangaç'ı kullanarak yaptıkları başta İskender olmak üzere tüm Tozkoparanlar için şok etkisi oluşturacaktır. Zamangaç Haluk, Efsun ve Cenk'i nereye ışınladı? Mavi Ay Türk Sporları'nın beklenilen açılışı yapabilecek mi? Rüya'nın çantasını çalan hırsız Zamanbozan kitabına ne yapacak? İskender hırsızı yakalayıp kitabı geri alabilecek mi?

Pençe'den ayrılma isteğini dile getiren Mavi Ay, Haluk'un “okuldan atılma” tehdidiyle karşı karşıya kalmıştır. İşlerin düşündükleri kadar kolay çözülmeyeceğini anlayan İskender ve arkadaşları mecburen geri adım atar. Bu fırsatı kaçırmayan Cenk hem fiziksel olarak hem zihinsel olarak Mavi Ay'ı cezalandırmak için elinden gelen her şeyi yapar. Ertesi gün okula giden Mavi Ay'ın keyfi, okul müdürünün kendilerini odasına çağırmasıyla kaçar. İskender'in yaptığı bazı hareketlerin süper güçlerini ortaya çıkarması, Arda, Asya, Elif ve Sinan'ı endişelendir. Bu konuda bir çözüm yolu arayan Mavi Ay soluğu Fikri'nin yanında alır. Vakit İskender'in süper güçlerini test etme vaktidir. Fikri'nin önderliğinde İskender'in süper güçlerini ölçmek için çeşitli testler yapılırken; Pençe laboratuvarında Haluk, zamanın çocuğunun sahip olduğu süper güçlere karşı koyabilmesi için yaptığı icadı Cenk'e takdim eder. Alim Cezeri Koleji'nin okul müdürü Mavi Ay'a ne söyleyecek? Mavi Ay Pençe'den ayrılmayı başarabilecek mi? İskender'in süper güçlerinin sınırları ne? Haluk'un zamanın çocuğunu durdurmak için nasıl bir icat yaptı?

Haluk'un sayesinde dağılmaktan kurtulan Mavi Ay takımını zor bir seçim beklemektedir. Zira Alp Oyunları'nda yer alabilmek için Pençe Dövüş Akademisi'ne katılmak zorundadırlar. Bunun ilk adımı da Pençe yemini etmektir. Acele karar vermek istemeyen ve içi bu konuda huzursuz olan İskender'in uyarılarına karşın Mavi Ay takımı hep beraber yemin ederek Pençe takımına katılır. Spor Akademisi'ni güçlendirdiği için mutlu olan Haluk, yeni katılan üyelerin ne durumda olduklarını görmek ister. Bunun için ilk etapta dövüş ve okçuluk alanlarında Mavi Ay'ın güçleri sınanacaktır. İskender ve Mavi Ay'ı dişli rakipler ve zorlu bir mücadele beklemektedir. Diğer yandan yeni okulları özel Alim Cezeri Koleji'ne havalı bir giriş yapmak isteyen Arda, ilk günden dikkatleri üstüne çeker. Mavi Ay'ın reklamını yapmak isteyen ve İskender, Sinan, Elif ve Asya'nın ısrarlı uyarılarını dikkate almayan Arda, bir anda Cenk'i karşısında bulur. Cenk, Mavi Ay diye bir takımın artık kalmadığını ve onların artık birer Pençe olduğunu hatırlatır. üzerlerinde büyük bir baskı hisseden Mavi Ay için çoğu şey beklenildiği gibi gitmemektedir. Tüm bunların üzerine Sinan, Salih hocadan kendisine gelen mesajı Mavi Ay'dan saklar ve Salih ile tek başına yüzleşmek için yola koyulur. Mavi Ay, Pençe Spor Akademisi'ne katılmakla doğru bir karar mı verdi? Yeni okulları özel Alim Cezeri Koleji'nde Mavi Ay'ı neler bekliyor? Dövüş ve okçuluk mücadelelerinde İskender ve arkadaşları nasıl bir performans sergileyecekler? Sinan'ın Mavi Ay'dan sakladığı mesaj ne? Salih hoca Mavi Ay'a ne söylemek istiyor?

TAYGU Koleji'nden atılan Mavi Ay üyeleri, ailelerinin aldığı karar sonucu bir daha birbirleriyle görüşememe tehlikesiyle karşı karşıyadır. İşleri yoluna koymak, bunu başaramazlarsa vedalaşmak üzere İskender'in evinde toplanan Mavi Ay için geri sayım başlamıştır. Sinan'ın yolda yürürken gördüğü Alp Oyunları turnuvası afişi, Mavi Ay için bir umut ışığı olur. Plan, Salih hocayı tekrar eskisi gibi takımlarının başına getirmek ve Alp Oyunları'na kayıt yaptırıp turnuvayı kazanarak ailelerine kendilerini affettirmektir. Asya'nın Mavi Ay'a veda niteliğinde hazırladığı ve internetten yayınladığı video, Tozkoparanları üzerken Pençe takımını sevindirmiştir. Ancak Cenk, ezeli rakibinin “Zamanın çocuğu” olarak adlandırılan ve süper güçleri olan birisi olduğunu öğrendiğinden büyük stres altındadır. Bu durumdan habersiz olan Pelin, Pençe Spor Akademisi'ne girip Cenk'e meydan okumak için yanlış bir zaman seçer. Haluk Zamangaç'ı tamir etmekle uğraşırken, Efsun Cenk'e yardımcı olmak için içerisinde İskender ve Mavi Ay'ın da olduğu bir plan yapar. Efsun'un Cenk'e yardımcı olmak için yaptığı plan ne? Mavi Ay bir arada kalmayı başarabilecek mi? Asya'nın yayınladığı Mavi Ay'a veda videosu nelere yol açacak? Pelin'in Pençe Spor Akademisi'ndeki ilk günü nasıl geçecek? İskender Salih hocayı ikna edip Mavi Ay'ın Alp Oyunları'na katılmasına yardımcı olabilecek mi?

Tozkoparanların yurdu kemankeş ocağının yıkımından son anda Tozkoparan yayını kurtaran Salih, hastanede iyileşme sürecindedir. İskender ve Mavi Ay, başlarına gelen maceralardan sonra Salih'in iyileşmesini beklerken sabırlı olmak zorundadır. üstelik okuldan da atılmışlardır. Ailelerine karşı ne diyeceklerini bilemeyen Mavi Ay'da ilk fire, annesi Melda tarafından evden çıkması ve hatta telefonda oyun oynaması bile yasaklanan Arda olur. Asya, Elif ve Sinan, Arda'yı evden çıkarmak için yoğun çaba sarf eder. Plan, Refika Hanım'a dil dökerek okula geri dönmek ve işleri yoluna koymaktır. İskender ise kemankeş ocağını yıkan ve babasının başına gelenlerden sorumlu olan HARP şirketinin peşine düşer. Bu yolda çeşitli entrikalar ve zorlu mücadelelerle karşılaşacak olan İskender, gözünü dört açmak zorundadır. İskender kemankeş ocağını yıkan şirketi bulabilecek mi? Mavi Ay, Refika'yı ikna ederek okulda kalmayı başarabilecek mi? Hastanede yatan Salih iyileşebilecek mi? Cenk zamanın çocuğuna karşı hazır olabilecek mi?

Sultan II. Beyazıt'a düzenlenmesi planlanan suikastı önleyen Tozkoparan İskender ve Mavi Ay, görevlerini başarıyla tamamlamıştır. Ancak zamanın kapısının nasıl açıldığını gören mühendisbaşı Ahriman, Zamangaç'ı ele geçirebilmek için İskender'e bir tuzak hazırlar ve onu hapseder. İskender; Salih, Fikri ve Mavi Ay'ın desteğiyle düşmanlarını püskürtse de Ahriman Zamangaç'ı çalmayı başarır ve ortadan kaybolur. Günümüzde ise Rüya ve Savaş, aniden ortaya çıkan Zamanbozan isimli esrarengiz kitapta ortaya çıkan çizimleri görünce, İskender ve Mavi Ay'ın başının belada olduğunu anlar. Derhal zaman makinesinin olduğu laboratuvara giden Rüya ve Fikri, Mavi Ay ve İskender'i kurtarmak için zaman yolculuğu yapar. Zamanbozan kitabında ortaya çıkan yeni çizimler sayesinde Kemankeş Ocağı'nın tehdit altında olduğu anlaşılınca Tozkoparanlar derhal günümüze geri döner. Tozkoparanlar, bir yandan Kemankeş Ocağı'ndaki emanetleri kurtarmaya çalışırken diğer yandan Temrenli'de her şeyin bıraktıkları gibi olmadığını anlar. Temrenli'de göze batan en büyük değişiklik Pençe Spor Akademisi'dir. Mühendisbaşı Ahriman'ın soyundan gelen Haluk, yeğeni Cenk ve Efsun hoca tarafından idare edilen Pençe'nin tabelasında “Korkalar Giremez. Pençe Kaybetmez” yazmaktadır. Pençe, geçmişten dönen Tozkoparanlar için tatsız bir günümüze hoş geldin sürprizi olacaktır.

İskender, özel güçleri sayesinde Salih, Fikri ve Mavi Ay'ı zindandan kurtarmayı başarır ve padişaha düzenlenecek suikast girişimini engellemek için harekete geçer. Ancak yeniçerilerin Tozkoparanları casus sanması işleri bir hayli zorlaştırır. üstelik Zamangaç'a da el konulduğundan, Mavi Ay'ın günümüze dönebilmesi imkânsız gibi görünmektedir. Tozkoparanlar geçmişte karşılaştıkları sorunlarla boğuşurken, günümüzde de Kasırga'nın başı beladadır. Kasırga'nın karşılaşmaya getirdiği hileli oklardan birisinin tirkeşlerinde kalması, Tayfun'un bütün inancının yıkılmasına yol açar. Diğer yandan geçmişte padişahı öldürmek için adamlarıyla son hazırlıklarını yapan Venedikli casus Giovanni, Tozkoparanların hapiste olmasına çok güvenmektedir. Fakat Tozkoparanlar, İskender'in liderliğinde padişahı korumak için pazar yerinde hazır beklemektedir. Giovanni'nin adamları padişahı öldürmek için harekete geçince, Tozkoparanlar için işin ne kadar zor olduğu ortaya çıkar. Arda, Asya, Elif, Sinan, Fikri ve Salih, her yönden gelen tehditlere karşı canla başla mücadele ederken, kılık değiştiren Giovanni aradan sıyrılır ve yalnız kalan padişahı öldürmek için çok büyük bir fırsat yakalar. İskender, padişahı koruyabilmek için pazar yerinin üstündeki çatılardan uçarcasına koşarken, Giovanni'nin padişahı öldürmek üzere fırlattığı ok yaydan çıkar. Kasırga TAYGU Koleji'ni zafere taşıyabilecek mi? Yaptığı hile dönüp dolaşıp kendisini bulan Tayfun ne yapacak? Tozkoparanlar'ı pazar yerinde neler bekliyor? Zamangaç'ın yokluğunda Mavi Ay geçmişte mi kalacak? Giovanni'nin padişahı öldürmek için yaptığı plan işe yarayacak mı? İskender görevini yerine getirip padişahı korumayı başarabilecek mi?

İskender'in Rüya'yı kurtarmasıyla gerçekler ortaya çıkar ve Rüya, sonunda Tozkoparan İskender'in günümüze bir zaman yolculuğu sonrası geldiğine ikna olur. üstelik Rüya, öğrendiği bu bilginin şokunu atlatamadan bir başka acı gerçekle daha yüzleşmek zorundadır. İskender, bu zamana ait değildir ve zaman makinesi hazır olur olmaz kendi zamanına geri dönecektir. Mavi Ay, İskender ile bir daha görüşmemek üzere yollarını ayıracaklarına inanamamaktadır ve okullar arası turnuvaya İskender olmadan katılmak zorunda kalacakları için de bir hayli üzgündür. Kasırga takımı ise turnuvada TAYGU Koleji'ni Mavi Ay'ın temsil edecek olmasını kendilerine yediremez. Giovanni, zaman makinesiyle yolculuğun yakın olduğunu anlayınca kendi zamanına gitmeden önce Kasırga'ya son bir hile planı daha verir. Bu hileyle Mavi Ay'ın turnuvada rezil olması neredeyse kesin gibidir. Diğer yandan Rüya, İskender'in gitmemesi için elinden geleni yapmaya çalışırken, tarihte bir şeylerin değişmeye başladığını fark eder. İskender'in zihgirinden babasının çizdiği ağaç sembolünün silinmesinin ardından tarih kitapları da artık Tozkoparan İskender'i bir hain olarak anmaktadır. Her şeyin sarpa sardığı bir anda Savaş Hoca elinde taşla çıka gelince, Tozkoparanlar için geçmişe gidip her şeyi tekrar yoluna koymak için bir fırsat doğar. Fikri makineyi hazır hale getirirken İskender ve Salih de yola revan olmak için gerekli hazırlıkları yaparlar. Sonunda İskender'in ait olduğu zamana giden portal açılır. Ancak Salih, Fikri ve İskender portaldan geçtikten sonra, onları hiç tahmin edemeyecekleri sürprizler ve zorlu sınavlar beklemektedir. Kasırga'nın yaptığı hile işe yarayacak mı? Rüya, İskender'e veda etmeyi kabullenebilecek mi? Mavi Ay'ın vermesi gereken zor karar ne? Zaman makinesini çalıştırıp portaldan geçen Tozkoparanları neler bekliyor? İskender tarih kitaplarına bir hain olarak geçmekten kendisini kurtarabilecek mi?

İskender, Ece ve Ayberk'in planı karşısında süper güçlerinin ortaya çıkması tehlikesiyle karşı karşıya kalır. Salih ve Fikri ise taşın izini sürerken, çL-B'nin uyarısıyla laboratuvara yabancı birisinin girdiğini öğrenir. Laboratuvara giren kişi, zaman makinesini etkisiz hale getirmeye başlayınca, Tozkoparanlar panik içerisinde laboratuvara koşarak durumu kurtarmaya çalışır. Diğer yandan Tayfun ve Duygu, Ece ile Ayberk'in kendilerinden habersiz bir şeyler çevirdiğini fark ederek onları sorguya çeker. üzerindeki baskıya dayanamayan Ayberk, soluğu Mavi Ay'ın yanında alır ve Mavi Ay'a İskender'siz bir “hiç” olduklarını söyler. Bu sözlerden etkilenen Mavi Ay'ın morali bozulunca, İskender devreye girer ve son karşılaşmaya katılmayacağını açıklar. İskender, Mavi Ay'a kendisi olmadan da Kasırga'yı yenebilecek güçte olduğunu hatırlatacaktır. Ancak Giovanni, yine başka bir hile peşindedir ve Mavi Ay'ın karşılaşmada “attan düşmüşe dönmesi” için elinden geleni yapacaktır. Tüm bunlar olup biterken Savaş Hoca, Makbule teyzeye yaptığı bir ziyaret esnasında zaman yolcuğu için gereken taşı bulur ve gözlerine inanamaz. Gitme vaktinin yaklaştığını gören İskender, sonunda Rüya'ya kendisinin Tozkoparan İskender olduğunu itiraf eder. Ayberk ve Ece, yaptıkları planla İskender'in süper güçlerini ortaya çıkarabilecek mi? Salih ve Fikri, laboratuvara girip zaman makinesini bozan kişiyi yakalayabilecek mi? Son karşılaşmanın galibi kim olacak? Mavi Ay, son karşılaşmaya gerçekten de İskender'siz mi katılacak? Rüya, İskender'in itirafı karşısında ne yapacak?

İskender yaptığı atışla hedef tahtasını devirmiş, salondaki herkesin dikkatini üzerine çekmiştir. Kasırga takımı ve Savaş hoca, böyle bir şeyin nasıl olabileceğini anlamak için sorular sorarken, İskender dikkatleri Kasırga'nın yaptığı hileye çekmeye çalışır. Diğer yandan Giovanni, izini bulduğu taşı geri almak için 1 milyon liraya ihtiyacı olduğunu anlayınca, parayı vermeden taşı ele geçirebilmenin yollarını arar. Tozkoparanlar da Vecihi sayesinde taşın peşindedir. Vecihi taştan sinyal alınca Salih, Fikri ve Savaş bir kez daha taşın peşine düşerler. Tüm bunlar olurken Ayberk, İskender'in hedefi deviren son atışından sonra Kasırga takımını bir kez daha İskender'in süper güçleri olduğuna ikna etmeye çalışır ve bu sefer başarılı olur. Tayfun'un liderliğinde Kasırga, İskender'in süper güçleri olduğunu ortaya çıkarmak için bir plan yapar. Mavi Ay ise Kasırga'nın niyetini anlamıştır ve İskender'in sırrının ortaya çıkmaması için elinden geleni yapmaya hazırdır. Ancak İskender'in aklı, geçmişte yerini başkasının almış olabileceği fikrine takılıp kalmıştır. Bunun üzerine Tozkoparanlar, bir kez daha ormana giderek İskender'in nişan taşına bakmaya karar verirler. Nişan taşına gittiklerinde gördükleri şey, bu kez sadece İskender'in adının silinmesi değildir. İskender devirdiği hedef tahtası için nasıl bir açıklama yapacak? Kasırga'nın hilesi ortaya çıkacak mı? Mavi Ay, İskender'in süper güçlerinin Kasırga tarafından ortaya çıkarılmasına engel olabilecek mi? Zaman makinesi için gerekli olan taşı Giovanni mi yoksa Tozkoparanlar mı ele geçirecek? İskender'in nişan taşında değişen şey ne?