Sultan Mehmed, İsfendiyaroğlu seferinden zaferle döner. Yeni fethedilen topraklarda adaletin ve düzenin sağlanması için harekete geçer. Artık sıradaki hedef bellidir: Pontus İmparatorluğu. Trabzon ve çevresi, Osmanlı’nın Karadeniz’deki hâkimiyetini tamamlamak açısından büyük önem taşımaktadır. Divan-ı Hümayun’da yapılan toplantıda Sultan Mehmed, Pontus üzerine büyük bir sefer düzenlenmesini emreder. Ancak bu yol kolay değildir. Ordunun önünde sarp dağlar, zorlu geçitler ve “Alamut’tan bile güçlü” denilen Yılanlı Kale vardır. Mehmed, kara ve denizden ilerleyecek iki cepheli bir plan kurar. Bali Bey akıncı kuvvetlerinin başında kaleye yönelirken, Bahadır Paşa komutasındaki donanma Karadeniz’den Pontus surlarını topa tutacaktır. Ancak savaş meydanında olduğu kadar saray içinde de çetin bir mücadele yaşanır. Sultan’a yakın isimler arasındaki güven sarsılmaya başlar. Vlad, görünürde Mehmed’in yanında olsa da, gizli hesaplar peşindedir. Zeynel, bu ihanetin izini sürerken kendini sonu bilinmeyen bir oyunun içinde bulur. Kurtçu Doğan ise hem kardeşinin hem de dostunun akıbetiyle yüzleşmek zorundadır.

Mahmud Paşa’ya yapılan suikast girişimi ve Basat’ın ölümü, tüm gözleri Vlad Tepeş’e çevirir. Üzerindeki kan izleri ve çelişkili sözleri kuşkuları artırır ancak, Mehmed delil yetersizliğinden onu serbest bırakır. Bu karar, karargâhta derin bir tedirginlik ve şüphe rüzgârı estirir. Orta Ağası Zeynel’in cezalandırılmasına karar verildiğinde, Yeniçeri Ağası Kurtçu Doğan kendi canını ortaya koyar. Bu fedakârlık Mehmed’in yüreğinde yankı bulur, Zeynel affedilir. Ancak Kurtçu’nun içindeki şüphe sönmez; Vlad’ın o geceki hareketlerini araştırmaya başlar. Tam her şey açığa çıkacak gibiyken, Vlad Pontus’tan büyük bir zaferle döner. Getirdiği kutsal emanet ve kurtardığı esir, Mehmed’in gözünde onu yeniden “kardeş” mertebesine taşır. Kurtçu susar, ama hakikat sessizliğin ardında yankılanmayı sürdürür. Bu sırada Konstantiniyye’de, Şehzade Beyazıd kendi vicdanıyla yüzleşmektedir. Gülperi’nin babası Kasım Bey’in emriyle kendisini öldürme planı açığa çıkar, fakat Beyazıd intikam yerine merhameti seçer. Sultan Mehmed, devletin bekası için İsfendiyaroğlu üzerine sefer emrini verir. Fakat Pontus İmparatoru Komnenos, Osmanlı ordusuna arkadan saldırması için Draven’i harekete geçirir. Kılıç kında, hüküm dilde; seferin sırrı Sultan’ın sükûtundadır. O sükût ki nice fırtınayı susturur, nice devri yeniden başlatır. Ve Sultan, kararıyla tarihin kapısını bir kez daha aralar.

Karargâhta bütün dengeleri bozan bir suikast girişimiyle perde açılır. Sadrazam Mahmud Paşa ağır yaralanır; Sultan Mehmed ise öfkesini içine gömerek, haini bulmadan nefes almayacağına yemin eder. Karaman elçilerinin kanı ve ortaya çıkan hançer, büyük bir fitnenin habercisidir. Devletin merkezinde, görünmeyen bir el düğümlere düğüm eklemektedir. Molla Lütfi’nin dikkatle takip ettiği izler, Vlad’a uzanan şüpheleri kuvvetlendirirken; sorgu odasında atılan her söz, kılıçtan keskindir. Vlad’ın karanlık geçmişi, onu yalnızca suçlu değil; büyük bir oyunun da anahtarı hâline getirir. Mehmed’in adaleti, ihaneti saklandığı yerden söküp çıkaracak kudrettedir. Karargâhın içinde ise saflar keskinleşir. Yeniçeriler ve Solaklar’ın kılıçları birbirine değer, ordu bir anda bölünmenin eşiğine gelir. Tam gerilim doruğa ulaşmışken, Mahmud Paşa’nın yeniden ayağa kalkışı, fitnenin boynuna geçirdiği kement gibidir. Bu sırada Osmanlı topraklarında farklı bir cephede, görünmez düşmanın gölgesi hissedilir. Kimlerin kimlerle ittifak kurduğu, hangi ellerin hangi kılıçları tuttuğu henüz açığa çıkmamıştır. Her adım, yeni bir tehlikenin kokusunu taşır. Ve Danişmend yadigârı topraklarda yapılan gizli bir görüşme…Sözler fısıltıyla söylenir fakat sonuçları bütün bir coğrafyanın kaderini değiştirmeye adaydır. Seferin yönü yeniden şekillenir; devletin kudreti, düşmanlarının ummadığı yerden doğacaktır.

Sultan Mehmed, payitahttaki hazırlıklarını tamamlayarak ordusuyla görkemli bir şekilde sefere çıkar. Ancak seferin yönü konusundaki belirsizlik, hem Osmanlı paşaları hem de düşman cephelerinde büyük bir merak ve gerilim yaratır. Mehmed, bu belirsizliği düşmanlarının kalbine korku salacak bir strateji olarak kullanmaktadır. Ancak hedef Pontus’tur. Karadeniz’de Osmanlı donanması büyük bir çarpışmaya girer. Savaşın sonucu, seferin kaderini etkileyecek dengeleri değiştirecektir. Karaman ve İsfendiyar’da herkes Mehmed’in hedefini tahmin etmeye çalışırken gizli diplomasi trafiği hız kazanır. Vatikan cephesinde ise Papa, gelişmeler üzerine yeni bir komutanı görevlendirir. Bu gizli komutan kimdir? Osmanlı ordugâhında yaşanan beklenmedik bir suikast, cephede büyük sarsıntı yaratır. Olay, yeni bir fitnenin habercisidir. Payitahtta ise haremde tansiyon yükselir. Gülperi’nin Şehzade Bayezid’e yönelik hamlesi, sarayda tüm dengeleri değiştirir. Her cephede belirsizlik ve güç mücadelesi büyürken, Mehmed kararlılıkla yoluna devam eder.

Sarayda dengeler yeniden kurulur, gizli ittifaklar değişir, yürekler ile devlet aklı bir kez daha karşı karşıya gelir. Sadrazam Mahmud Paşa, Zağanos Paşa’yı yeniden divana aldırarak güç terazisini kendi lehine çevirmeye çalışır. Şehabeddin Paşa’nın üzerindeki baskı artarken, Mehmed’in iki eski lalası arasındaki sarsılmaz bağ yeniden sınanır. Ancak bu kez, geçmişteki bir seferin karanlık sırrı ortaya çıkmak üzeredir. Öte yanda, Şehzade Beyazıd, Mehmed’in buyruğuyla Gülperi Hatun’la siyasi bir nikah kıyar. Fakat gönlündeki Julia’nın gölgesi, bu evliliği daha ilk andan itibaren bir hesaplaşmaya dönüştürür. Gülperi’nin, babası Karamanoğlu İbrahim Bey’e yazdığı mektuplarda saklı olan planı ise, sarayda yaklaşan bir felaketin habercisidir. Pontus’ta Vlad ve Karatuğlar, kutsal emanetlerin izinde ölümle yarışır, bu emanetler yalnızca bir inanç sembolü değil, dinlerin ve imparatorlukların kaderini değiştirecek kudrettedir. Fakat Komnenos’un Papaz John’la kurduğu gizli ittifak ve Vlad’ın karanlık sırları, bu arayışı kanlı bir hesaplaşmaya dönüştürür. Karamanoğulları Beyliği’ne sefer kararı alınmıştır, ancak Pontus’tan gelen haberler dengeleri değiştirir. Kutsal emanetlerin Avrupa’ya geçme tehlikesi, yeni bir Haçlı ittifakının doğabileceği ihtimalini gündeme taşır. Mehmed, planlarını gözden geçirir; önce seferi erteler, ardından kararını yeniden verir. Artık yönü yalnızca Sultan’ın bildiği bir sefer vardır. Hedef belli, karar gizlidir! Zırhını kuşanır ve tek bir cümleyle hükmünü verir.

Sultan Mehmed, hem şahsi hem de siyasi meydan okumalarla dolu zorlu bir döneme adım atar. Ağır yaralı yatan Şehzade Beyazıd’ın akıbeti sarayda derin bir sarsıntı yaratırken, Mehmed bir yandan divandaki çekişmelerle, diğer yandan Karaman, Pontus ve Vatikan karşısında şekillenen ittifaklarla mücadele etmek zorunda kalır. Divan’da Mahmud Paşa ile İshak Paşa arasındaki ihtilaf Osmanlı iç siyasetinde gerilimi iyice arttırırken, Şahabettin’in Zağanos Paşa hakkındaki tavrı da dengeleri sarsacak yeni tartışmaları doğurur. Bu sırada Mehmed oğulları üzerinden kritik hamleler yapar. Beyazıd ölüm döşeğinde umutla beklenirken, Mustafa büyük bir törenle yeniçeri ocağına katılır ve sefere çıkma onuruna erişir. Pontus’ta Vlad Tepeş’in hain planları sürerken, Karatuğlar zindanda acımasız işkencelerle sınanır. Basat’ın ihaneti sezmesiyle gerilim giderek tırmanır. Öte yandan Mehmed, sürgündeki Zağanos Paşa’yı geri çağırarak hem devletin kaderini hem de oğlunun geleceğini etkileyecek yeni bir kapı aralar. Karaman seferi için Osmanlı ordusu yola koyulurken, Beyşehir önlerinde yaşanacak büyük çarpışma ve sarayda yükselen yeni güç dengeleri, imparatorluğun geleceğini belirleyecektir.

Sultan Mehmed, Şehzade Bayezid’in sebep olduğu meselelerle boğuşurken hem içeride hem de dışarıda yeni fırtınalar kopar. Bayezid’in lalası İshak Paşa’yı görevden alması sarayda dengeleri değiştirir, şehzade ise babasının sözleriyle derin bir üzüntü yaşar. Bu sırada haremde Bahar Hatun ve Gülşah Hatun arasındaki çekişme giderek büyür. Pontus ve Karaman, Osmanlı’ya karşı ittifak arayışındadır. Vlad ve Karatuğlar kutsal emanetlerin peşine düşerken, Komnenos ve Vatikan temsilcileri aynı emanetler için kanlı oyunlar kurar. Vlad ve Karatuğlar zorlu bir yolculuğa çıkar. Fakat bu yolculuk, onları sadece düşmanla değil kendi aralarındaki hesaplaşmayla da yüz yüze getirir. Süleyman, Julia’nın ölümünden Beyazıd’ı sorumlu tutarak İsfendiyaroğlu Kasım Bey’i Osmanlı’ya karşı kışkırtır ve fitne ateşini harlar. Bayezid, yolda kurulan pusuda ağır yaralanır. Julia’nın hatırasıyla intikam hırsına kapılsa da ölümle burun buruna gelir. Bu haber saraya ulaşınca Sultan Mehmed, artık sabrının tükendiğini ilan eder. Yeniçerileri cülus meydanında toplayarak kudretli bir sesle haykırır: "Gayrı vakit hainleri gazabımızla yakıp kavurma vaktidir!" Osmanlı tahtında artık sadece savaşın ve intikamın gölgesi vardır.

Sultan Mehmed, hem devletin bekası hem de evladı Beyazıd’ın geleceği arasında ağır bir imtihanla karşı karşıyadır. Karamanoğlu Sultanı İbrahim’in elçisi Ayvaz Bey, Julia’nın ölümü bahanesiyle Beyazıd’ın teslimini ister; aksi halde savaş tehdidinde bulunur. Beyazıd, babasının emirlerine karşı gelerek sancaktan ayrılır. Bu itaatsizlik hem sarayda hem de halk arasında huzursuzluk yaratır. Mehmed, oğlunu yakalatır, divanda yargılar. Beyazıd’ın cezası ne olacaktır? Bu sırada Pontus İmparatoru David Komnenos ve Pedri, Osmanlı’yı içten sarsmak için Karaman ile iş birliği yapar. Julia’nın ölümü üzerinden kurulan bu ittifak, Türkmen beylerini Osmanlı’ya karşı ayaklandırma amacı taşır. Osmanlı komutanları bu girişimi engellemek için harekete geçerken, Mehmed’in dikkati bir başka gizeme çevrilir: Ayasofya’nın derinliklerinde ortaya çıkan kutsal bir ikonanın izini sürmek. Mehmed, Vlad ve Karatuğlar’ı Pontus’a göndererek bu emanetin peşine düşürür. Karaman elçisinin cüretkâr tehditlerine daha fazla tahammül edemeyen Mehmed, elçiyi idam ettirir ve Karadeniz’de Roma’nın nüfuzunu sona erdirmek için Pontus Seferi’nin başlaması emrini verir. Böylece Osmanlı hem içerideki fitnelerle hem de Karadeniz kıyılarındaki son Bizans mirasıyla büyük bir hesaplaşmaya hazırlanır.

Fatih Sultan Mehmed, Yermük Savaşı’ndan aldığı ilhamla “Üç Roma” vizyonunu ortaya koyar ve gözünü Karadeniz’in kıyılarında hâlâ ayakta duran Pontus İmparatorluğu’na çevirir. Bu sırada Pontus İmparatoru David Komnenos, yaklaşan tehlikeyi sezinleyerek Papa II. Pius’un desteğini kazanmak için hamle yapar. Sümela Manastırı’nda yüzyıllardır saklanan kutsal emanetler, bu pazarlığın en güçlü kozuna dönüşür. Komnenos, yalnızca Batı’nın değil Anadolu’daki bazı beyliklerin desteğini almak için de yeni ittifakların kapısını aralamaya çalışır. Payitahtta ise, Ayasofya’nın derinliklerinde ortaya çıkan gizemli bir parşömen Mehmed’in zihnini meşgul etmektedir. Isıyla beliren Arami yazılar, geleceği işaret eden bilinmezliklerle doludur. Sultan, bu sırrı çözmek için Tokatlı “Deli Lütfi”yi Payitahta getirtmek ister ve bu görev için alışılmadık bir isim görevlendirilir: Vlad Tepeş. Siyasi hesaplar, hanedan evlilikleri ve derin ittifaklarla örülen bu çetin satranç oyunu, yalnızca devletler arasındaki mücadeleyi değil, sarayın en mahrem odalarına kadar uzanan gerilimleri de açığa çıkarır. Olayların gölgesinde, Mehmed’i tarihin en ağır imtihanlarından biri beklemektedir: Devletin selameti mi, yoksa evladının kaderi mi?

Çandarlı, Zağanos’un oyununa gelerek her şeyi anlatmış, Mehmed bizzat Çandarlı’dan geçmişte yaşananları duymuştur. Mehmed, Çandarlı’yı derhal zindana attırmıştır. Zağanos başarısından dolayı sadrazam makamının kendisine tevdi edilmesini beklerken hiç ummadıkları bir şey olmuş ve Sultan Mehmed, Mahmud Paşa’yı payitahta çağırmıştır. Evrenosoğullarını, Pontus’ta esaretten kurtaran Mahmud, sultanın emri üzerine Payitaht’a kalmıştır. Mahmud’un gelişi Çandarlı’yı da üzmüş, artık yolun sonuna geldiğini Çandarlı da anlamıştır. Yeniçeriler ise Çandarlı’nın infazının durdurulması için gerekirse isyan dahi çıkartabileceklerini ikrar ediyor, Kurtçu ise onları yatıştırmaya çalışıyordur. Ancak Kurtçu’yu dahi karşılarına alarak bir isyana kalkışırlar. Muvaffak olabilecekler mi, yoksa Mehmed’in gadriyle mi karşılaşacaklar? Mahkeme yapılır. Sultan Mehmed davacı, Çandarlı ise davalı olarak Hızır’ın karşısındadır. Suçlamalar okunur ve Çandarlı suçlu bulunur, infaz edilecektir. Artık Çandarlı devri bitmiştir.

Çandarlı, tek başına hareket etmekten dolayı Sultan Mehmed tarafından saraya çekilir. Ancak yolun sonuna doğru ilerlediğini anlamaz. Zağanos’un hedef tahtasına oturması ve sonunu hazırlayan gelişmelerin başlaması tam da bu olay minvalinde gelişir. Notaras’ı yakalayan Zağanos, kurduğu oyunla Çandarlı’yı ağına düşürmeye çalışır. Ancak bu da yetmez, Mehmed’in bizzat her şeye şahit olmasını ister. Zağanos bunu başarabilecek mi, yoksa sonuçsuz mu kalacak? Öte taraftan Vlad, Mehmed’in huzuruna gelir ve iki eski dost hasret giderir. Artık Mehmed’in planlarında Vlad da yer almaktadır. Mehmed, Agamemnon’un arkasındaki güç olan Pontus’a Evrenosoğlu ve Bali’yi gönderir. Pontus üzerine gelen akıncılardan haber alır ve yollarına pusu atar. Evrenosoğlu ve Bali’yi bu pusudan Çepnilerden Şamil kurtarır. Evrenosoğlu pusudan kurtulunca Pontus imparatorunun karşısına çıkıp Sultan Mehmed adına hesap sorar. Pontus imparatoru, Osmanlı’ya boyun mu eğecek, yoksa başkaldırmakta direnecek mi?

Kurtçu ve Hristo’nun yaralanması, sekbanbaşının şehit olması artık şehirde bir karanlık örgütün varlığını açık etmektedir. Sultan Mehmed de tüm planlarını bu örgütü ortaya çıkarmak için kurar. Agamemnon’un niyeti ise bambaşkadır. Pontus’dan gelen Yorgo’nun talimatıyla Beyazıd’ı kaçırmak. Mehmed, Agamemnon ve Nemesis’i ortaya çıkarmayı başarabilecek mi, yoksa Beyazıd, Pontus’a Agamemnon tarafından rehin şehzade olarak mı götürülecek? Çandarlı’nın da planları tıkır tıkır işlemekte, adım adım Nemesis ve Agamemnon’a yaklaşmaktadır. Çandarlı, Sultan Mehmed’den önce bu örgüte ulaşabilecek mi? Yoksa kurduğu tertip bozulacak mı? Boğdan Prensi üzerine gelmekte olan Osmanlı gücünün farkına varır ve Sırbistan da dâhil olmak üzere krallıkları birliğe davet eder. Ancak önüne Mara engeli çıkar. Mara’yı durdurabilmek için kardeşini esir alan Boğdan Prensi, Vlad’ın acımasız yüzüyle karşılaşır. Vlad, Boğdan Prensi’nin üstüne Sultan Mehmed’in emriyle yürür. Vlad, Boğdan Prensini durdurabilecek mi?