Teşkilat’ın yeni sezonunda Yüzbaşı Altay düşmana kök söktürmeye geliyor. Neslihan verdiği kayıplara rağmen görevinin başında dimdik duruyor ve vatanı için gözünü kırpmadan mücadele edi. Korkut ise eski hayatından tamamen kopup kendisini tehlikenin pençesinde bulur. Büyük sınavlarla burun buruna gelen Neslihan ile Yüzbaşı Altay’ın yollarının kesişmesi Teşkilat’ta yeni bir dönemin başlangıcı olur.

Ömer, ölümle burun buruna gelmişken Neslihan da onu kurtaracak panzehiri bulmuştur. Fakat Neslihan’ın ilacı Ömer’e ulaştırması o kadar da kolay olmaz. Ömer için geri sayım başlamıştır. Karşılarına çıkan zorluklara karşı Ömer son kozunu oynamak zorundadır. Neslihan’ın ilaca ulaştığını öğrenen ekip seferber olur. Sevdikleri yeniden Ömer’in ve ekibin yanında olurken eski düşmanları da tekrar karşılarına çıkar. Ömer, görev ve emanet uğruna gözünü karartır. Bu yolun sonunda ne olursa olsun düşmanı yenmek için gerekeni yapacaktır.

Ömer ve ekip bir anda kendilerini namlunun ucunda bulur. Karşılarındaki düşman her ne kadar kendinden emin olsa da ekip Ömer’in liderliğinde her şeye hazırlıklıdır. Korkut, en mutlu anında çok büyük bir acıyla yüz yüze kalır. Bu acı onu geri dönülmez yollara sürükler. Durumunun kötüleşmesine rağmen Ömer yolundan vazgeçmez. Neslihan, onu bu virüsten kurtarmak için büyük bir çaba sarf ederken Ömer bambaşka bir tehlikeyle burun buruna kalır.

Çetin’in yaptığı hamle karşısında şaşkına dönen Ömer, Çetin’i yanından ayırmadan hızla bir çıkış yolu bulur. Gizem, Neslihan’ı kurtarmak için kendine merminin önüne atar. Çatışmanın ortasında kalan Neslihan iyice kapana kısılır ancak saldırganlara boyun eğmez. Ekip zor durumlar yaşasa da birbirine destek olur. Onların en büyük destekçisi ise liderleri Ömer’dir. Ömer adım adım şirketin bir numarasına ulaşmayı amaçlar. Ancak vakti dolmak üzeredir. Kalan zamanını görevine adasa da şartlar onu zorlayacaktır.

Ne pahasına olursa olsun Kambur’u Türkiye’ye getirmeyi hedefleyen Ömer ve ekibi, hem karadan hem de havadan düşmanın yoğun takibindedir. Ekip sahada mücadele verirken Neslihan da masada kozlarını paylaşır. Ömerlere en büyük destek ise havadaki Koral’dan gelince düşman daha fazla direnemez. Şirketin en önemli unsurlarını ele geçiren Ömer’in yeni bir planı vardır. Bu plan her ne kadar riskli olsa da zaman aleyhine işlerken her şeyi göze almak zorunda kalır.

Annesini karşısında Katip olarak gören Ömer neye uğradığını şaşırır. Neslihan ile Ömer hiçbir şeyin tesadüf olmadığını anlar. Çünkü üstlendikleri görev beklediklerinden daha önemlidir. Ekip ateş altında kapana kısılmışken bir çıkış yolu arar. Bu sırada Gizemli Adam ve yoldaşları da düşmanlarla mücadele içindedirler. Ömer, annesinin anlattıkları gerçeklerle karşı karşıyadır. Öğrendikleri hem onu hem de Neslihan’ı yeni bir yola sürükler. Düşmanlarla karşı karşıya gelecekleri bu mücadelede yol göstericileri onları yalnız bırakmaz.

Köşeye sıkışan Ömer, pes etmemeye karar verirken, gerçekleri öğrenen Neslihan’ın hatasıyla karşı karşıya kalır. Korkut ve Pehlivan ölümle burun buruna gelirken canları pahasına birbirlerinin yardımına koşmaktan çekinmezler. Ömer ne olursa olsun son nefesine kadar görevini başarıyla tamamlamayı hedefler. Aynı zamanda da ihanetlerle sınanan Neslihan’ı korumaya çalışır. Ama ikisinin daha öğrenmeleri gereken gerçekler vardır.

Ömer artık Çetin’e karşı kartlarını açık oynar. Ama şirketin herhangi bir oyununa karşı da hazırlıklıdır. Bu süreçte duygusal olarak zorlanan Neslihan’ın da yanında olmaya çalışır. Ekip görevine odaklanmışken bir taraftan da Korkut’un durumunu çözmeye çalışırlar. Fakat bu yolun sonu da onları düşmanlarına götürecektir. Çetin’in ihanetinin ortaya çıkmasıyla her ne kadar Ömer’in haklılığı ispatlansa da, hem Ömer hem de ekibi için bu her şeyin başlangıcıdır.

Ömer, öğrendiği gerçekle neye uğradığını şaşırır. İpuçları onu doğru yola götürür. Büyük sırrı öğrendiğinde planladığı hamleleri rafa kaldırmak zorunda kalır. Kambur’un elinde zor durumda olan Korkut ve Pehlivan, pes etmeden kurtuluş yolu bulmaya çalışırlar. Hiçbir şeyden haberi olmayan Neslihan’ın, Ömer’e güveni sonsuzdur. Ömer de Neslihan’ın vatanı için babasından bile vazgeçeceğine emindir. Gerçekler ortaya çıktıkça zor kararlar alan Ömer’in amacı bellidir. Karşısındaki kim olursa olsun, önce vatanı için hareket edecektir.

Kambur, Ömer’e kurduğu hain tuzağın bedelini ağır öder. Ekip, şirketin planlarını bozarken kendi hayatlarındaki sorunlarla yüz yüze kalır. Düşmana karşı sahada birlikte savaşan ekip, özel hayatlarında da birbirlerine destek olur. Ömer, durumu gittikçe kötüleşse de amacından vazgeçmez. Şüphelerini ispatlamak için yeni planlar yapan Ömer önemli kararlar alır. Fakat ortaya çıkan gerçekler Ömer’in kararlarını etkileyecektir.

Ömer, Kambur’un oyunu ile çıkmaza girer. Durumunu ekip arkadaşlarından saklamaya çalışan Ömer, üstleriyle birlikte bir çözüm yolu aramaya koyulur. Düşman tarafındaki çatırdamalardan faydalanan Ömer ve ekibi, Kambur’u köşeye sıkıştırmak için harekete geçer. Neslihan’ın Ömer’e olan zaafının farkında olan Çetin, Ömer’e karşı eskisi gibi açık hamlelerde bulunamaz. Ömer, durumu gittikçe ciddileşmesine rağmen düşmanı yenmeye kararlıdır.

Herkes, Milli Muharip uçağının uçuşunun gururunu yaşarken çetin de Kambur'u başarısızlıkla suçlar. Kambur'un tek düşündüğü ise ömer'in cesedini bulmaktır. ömer'e ulaşamayan ekip oldukça tedirgindir. Durumu öğrenen Neslihan adeta yıkılır. Ekip ömer'i sağ salim bulmak için seferber olur. Ancak ondan haber alamadıkça umutları tükenmek üzeredir. Ancak düşman hiç beklemediği bir anda kendini Teşkilat'ın elinde bulacaktır.