Ömer, Kambur’un oyunu ile çıkmaza girer. Durumunu ekip arkadaşlarından saklamaya çalışan Ömer, üstleriyle birlikte bir çözüm yolu aramaya koyulur. Düşman tarafındaki çatırdamalardan faydalanan Ömer ve ekibi, Kambur’u köşeye sıkıştırmak için harekete geçer. Neslihan’ın Ömer’e olan zaafının farkında olan Çetin, Ömer’e karşı eskisi gibi açık hamlelerde bulunamaz. Ömer, durumu gittikçe ciddileşmesine rağmen düşmanı yenmeye kararlıdır.

Herkes, Milli Muharip uçağının uçuşunun gururunu yaşarken çetin de Kambur'u başarısızlıkla suçlar. Kambur'un tek düşündüğü ise ömer'in cesedini bulmaktır. ömer'e ulaşamayan ekip oldukça tedirgindir. Durumu öğrenen Neslihan adeta yıkılır. Ekip ömer'i sağ salim bulmak için seferber olur. Ancak ondan haber alamadıkça umutları tükenmek üzeredir. Ancak düşman hiç beklemediği bir anda kendini Teşkilat'ın elinde bulacaktır.

ömer, çetin'in ona kurduğu hain plan sonucunda görevden uzaklaştırılır. ömer ve çetin arasındaki ipler iyice gerilir. Hayal kırıklığına uğrayan Neslihan bir kez daha ömer ile babası arasında kalır. Ekip ise ne olursa olsun ömer'in yanında durur. Kambur ve Şirket'in 'Milli Muharip Uçak' ile alakalı hain hamlelerini bozmak için 'Teşkilat' harekete geçer. Ekip için söz konusu vatanın onuru ve şerefidir. Bunun uğruna mücadele eden 'Teşkilat'ın bu yolda gizli kahramanları olacaktır.

ömer ve Neslihan el ele çetin'e yakalanır. ömer bir kez daha çetin ile karşı karşıya gelir. ömer'in çetin ile ilgili şüpheleri Neslihan'la arasında tartışmaya sebep olur. Ekip, mühendisi Kambur'un elinden kurtarmayı başarır. Herkes rahat bir nefes alacakken düşmanın hain planıyla yüzleşir. ömer ve Neslihan, korumayı hedefledikleri Milli Muharip Uçak'ını görme fırsatı bulur. ömer ve Neslihan için hayatlarının en gururlu anlarından biri yaşanırken ne pahasına olursa olsun bu uçağı korumakta kararlıdırlar.

ömer'in aniden karşısına çıkan gizemli kişi ona kaderiyle ve alması gereken emanetle ilgili sırlar verir. Neslihan ve Kambur'un karşılaşması an meselesidir. Bu durum Neslihan için olduğu kadar Kambur için de tehlikelidir. ömer ve Neslihan 'Kötü Komşu' operasyonuna devam ederler. Nedim onlara şüpheli yaklaşsa da ömer'in profesyonelliği bu şüpheleri yatıştırır. Ekip, ömer'in liderliğinde Kambur ve Nedimlerin hamlelerini öğrenerek Şirket'in amacını deşifre eder ve harekete geçerler.

ömer Neslihan'ı kurtarmak için Kambur ile karşı karşıyadır. Neslihan'ın zarar görmemesi için ömer kendi canını ortaya koyarak bütün riskleri alır. Ekip kurulan bomba tuzağını imha etme peşindedir. Korkut alıkonulan sivilleri kurtarmak için uğraşırken onun destekçisi Nazlı olur. Kambur, ömer ile oyun oynayarak onu tuzağa çekmeye çalışır. Neslihan ölüm ile burun burunayken ömer onu kurtarmak için büyük bir mücadele verir. Ekip, amaçları uğruna ömer'in liderliğinde ellerinden geleni yaparlar.

ömer'in sorusuyla Neslihan şoka girer. Neslihan gerçekleri öğrense de bu sorunun amacı ikili arasında yeni bir tartışmaya sebep olur. Ekip çatışmada zor durumda kalmıştır. Pehlivan ölüm ile burun buruna gelir. çetin'le yüz yüze tanışan Kambur şaşkınlığını atlatamaz. Amacı bilinmeyen bu buluşmada ikili kozlarını paylaşır. ömer gittikçe daha da tehlikeli olmaya başlayan Kambur'u bulmayı amaçlar. ömer bu yolda gerekirse sevdikleriyle karşı karşıya gelmeye hazırdır. Ne olursa olsun ömer, Kambur'un bir kişiye daha zarar vermesini göze alamaz. Bunun için hem ömer hem de ekibi büyük riskler almaya hazırdırlar.

ömer ve ekibi, Kambur'un beklenmedik hamleleriyle karşı karşıya kalır. ömer artık sadece ekibin değil sevdiklerinin de tehlikede olduğunu anlar. çetin'in oyunlarından habersiz olan Neslihan, babasına yapılan saldırıyla iyice korkmuştur. Kardeşinden sonra bir de babasını kaybetmeyi göze alamaz. ömer ile oynamaktan zevk alan Kambur'un amacıysa ani hamle yapmadan yavaşça onu çileden çıkarmaktır ama ömer Kambur'un oyunlarına kanmayacaktır. Karşı taraf ne kadar tehlikeli olursa olsun ömer ve ekibi cesur bir şekilde onunla yüzleşmeye hazırdır.

ömer yeni bir düşman ile burun buruna gelir. Ancak o da bu düşmanın diğerlerinden çok daha farklı ve en önemlisi daha da tehlikeli olduğunu anlar. ömer ile iletişimi tamamen kesilen Neslihan hem ömer'i hem de ekibi sağ salim getirmek için elinden geleni yapmaya çalışır. ömer ne olursa olsun intikamını almadan pes etmez. Bu yolda canından olsa bile düşmana boyun eğmez. 'Teşkilat', yeni bölümüyle pazar akşamı TRT 1'de.

Cihangir'in intikamı için hedefinde son bir kişi kalan ömer, peşinde olduğu Kaptan'ı ele geçirmek için ekiple birlikte harekete geçer. Kardeşini kaybeden Neslihan kimsenin daha fazla zarar görmesini istemez. ömer ise düşmanını yakalamak uğruna gözünü karartmıştır. İkili amaçları uğruna tekrar karşı karşıya gelir. Evlat acısıyla sarsılan çetin, yeni adımlar atar. Cihangir'in ölümünden ömer'i suçlayan çetin, ömer ile yüzleşir. üstlerine oynanan oyunun farkında olan ömer ve ekibi, suçlular cezasını çekmeden pes etmezler. Ne ömer ne ekip şirketin planlarına boyun eğmeyecektirler.

Cihangir'in ölümüyle gözünü karartan ömer, kendisine tuzak kurulacağını bile bile Anton'a meydan okur. ömer Anton'dan ve Cihangir'i şehit eden herkesten intikam alacağına yemin eder. Cihangir'in kaçırılmasıyla perişan olan Neslihan ve ekip geride bırakılan ipuçlarını takip ederler. Bu ipuçlarının onları Cihangir'e ve dolayısıyla ömer'e götüreceklerinden emindirler. ömer ve Cihangir'i bulmak için elinden geleni yapan ekip Anton'dan gelen mesajla yıkılır. Artık hiçbir şey eskisi gibi olmayacaktır. ömer'in gözündeki intikam ateşi ise karşısındaki herkesi yakacaktır.

ömer'in beklenmedik hamlesiyle Anton tuzağa düşer. Oğlunu kaybetmeyi göze alamayan çetin de Cihangir'i kurtarmak için kendince müdahalede bulunur. Fakat ömer'in dikkati sayesinde saklanamayacağının farkına varır. Başından beri her şeyi incelikle planlayan ömer'in amacı hem Cihangir'i kurtarmak hem de düşmana büyük bir darbe indirmektir. Ne olursa olsun bu yolda düşmana boyun eğmez. Neslihan ve ekip hem vatan hem de canları konusunda ömer'e itimat ederler. Bu yüzden operasyonu başarıyla tamamlamak için bütün riskleri göze alırlar.