Cihangir'in kaçırılmasına rağmen ömer ve ekip Anton'a boyun eğmez. Neslihan, Skarlet'in anlattıklarıyla darmadağın olur. Annesiyle ilgili gerçekleri öğrenmek için babasıyla yüzleşir. çetin artık iyice köşeye sıkışır. çetin'in suçlamalarının hedefindeki kişi ise ömer'dir. ömer hem Cihangir'i kurtarmak hem de İsis'e ulaşmak için elinden geleni yapar. Ekip ömer'in kurduğu planı kusursuz bir şekilde başarmaya çalışır. Anton ve Skarlet zafer kazandıklarını düşünseler de farkında olmadan kendilerini ömer'in kurduğu oyunun içinde bulacaktır.

Anton'un hain planı ile kapana kısılan ekibin yardımına ömer yetişmeye çalışır. Düşman zaten tehlikede olan ekibi daha da zor duruma düşürmeye çalışır. Ancak unuttukları şey, karşılarındaki kişinin ömer Atmaca olduğudur. ömer, Anton ile sahada kozlarını paylaşırken Skarlet, çetin'i kullanarak Neslihan'a yakın durmaya çalışır. Şirket planlarının kusursuzluğundan her ne kadar emin olsa da ömer ve ekibi düşmanların kurduğu oyunu bozacaktır. Bu yolda kendilerini veya birbirlerini feda etmeleri gerekse bile...

Gökhan ortadan kalksa da ömer bunun bir son olmadığının farkındadır. Ekibin yeni hedefi, şirketin gerçekleştireceği para transferini önleyip aynı zamanda yeni düşmanlarının kimliğini tespit etmektir. Mağlubiyete uğrayan Skarlet destek için en yakınından yardım ister. Kendisi deşifre olmadan Neslihan'ın hayatına girerken ortağı da ömer'in açık açık hedefine gelecektir. Eskisinden daha zeki ve daha acımasız olan yeni düşmanlar, karşılarında ömer Atmaca ve ekibinin olduğunun farkındadırlar. Şirketin yeni hücresi kendini her ne kadar saklamaya ve hedef şaşırtmaya çalışsa da Teşkilat onları bulacaktır.

Gökhan, yaptıklarının yanına kar kalacağından emindir. Fakat ekip ömer'in planıyla hep bir adım ondan öndedir. Neslihan şirket ile alakalı konularda sürekli babasının ismi ile karşı karşıya gelir. öğrendiği yeni gerçekse çetin'in şirketin açık hedefi olmasıdır. Artık Gökhan'ın gölgesinde olmayan Scarlett, Neslihan ve yakınlarını ortadan kaldırmak için hamle yapmaktan geri durmayacaktır. ömer, Gökhan'ı yurtdışında bir krize sebep olmadan Türkiye'ye getirip cezasını vermeyi amaçlar. Onun talimatlarını harfiyen yerine getiren ekip oluşacak pürüzlere karşı hep hazırlıklıdır. Hem Gökhan hem de şirket her zaman karşılarında ömer'i ve ekibini bulacaktırlar.

ömer üzerine oynanan oyunun farkındadır. Zehra'yı ve acılarını kullanan Gökhan, ömer'in hata yapacağından emin olsa da ömer ne olursa olsun Zehra'yı bu oyunlara kurban etmeyecektir. Beklenmedik hamleyle karşı karşıya kalan ekip masumların zarar görmemesi için temkinlidir Neslihan hem bakana hem de geri kalan herkese mümkün olabilecek en büyük sözü verir. İstenmedik sonuçlar hem Zehra'nın hayatına hem de Neslihan'ın kariyerine mal olabilir. Zamana karşı büyük bir mücadele verilirken Neslihan'ın ekibe ve ömer'e olan güveni tamdır. ömer bu sefer Zehra'yı kaybetmeyecektir.

Ekibin sızdığı ev Horus'un emriyle patlamaya hazırdır. Gökhan'ın hain planıysa bu patlamanın Neslihan'ın elinden gerçekleşmesi olsa da ömer telefon aramasıyla patlama olacağını anlar. ömer içerde tek başına mücadele etmek zorunda kalırken ekibin geri kalanı da dışarda ondan bir işaret beklemektedir. Hem Gökhan hem de şirket ile ilgili belgelere ulaşmaya çalışan ömer ve ekip çiftlik evinde düşmanlarla kozlarını paylaşırlar. ömer her ne kadar Gökhan'ın Horus olduğundan emin olsa da Gökhan, Neslihan'ın aklını karıştırmaya devam eder. Ekip ömer'in liderliğinde her zaman Horus ve dolayısıyla Şirket'ten bir adım önde olmaya çalışır. Bu yolda yeni ipuçları bulurken aynı zamanda yeni düşmanlarla da karşı karşıya gelirler. Düşmanın bu seferki hedefiyse ömer'i geçmiş ile bir kez daha karşı karşıya getirecektir.

Neslihan'ın davete gelişi ekibi beklenmedik duruma ve duygulara sürüklese de ömer profesyonelliği ile her şeyi kontrol altına alır. Ablasından dolayı ekibin içinde bu durum yüzünden en çok zorlanan kişi Cihangir olur. Fakat hem o, hem ekibin diğer üyeleri ömer'in liderliğinde sahada duygularını kontrol etmeyi öğreneceklerdir. Gökhan, Neslihan'ı Milorad ile karşı karşıya getirmeye çalışırken aynı zamanda da Neslihan'a karşı düşünceli tavrını sürdürmektedir. Gökhan'ın oyunlarına kanmayan ömer ise ne olursa olsun onun gerçek kimliğini önce Neslihan'a sonra da bütün dünyaya ispatlama peşindedir. ömer'in bilgisine ve öngörüsüne güvenen ekip karşılarına çıkan ani sürprizlere rağmen operasyonu başarıyla bitirip hem Milorad'ı yakalamak, hem de Horus'un gerçek kimliğini öğrenmek için elinden geleni yapacaktır.

Mostar köprüsündeki olayla birlikte düşman ortalığı daha da karıştırmak için harekete geçmiştir. Milorad hedefine ömer'i alacaktır. Acılarını kenara bırakıp yine vatanı için mücadele veren ömer bu meydan okumaya sessiz kalmayacaktır. ömer kendi bildiği yoldan gitmek için diretse de Neslihan'ın amacı, sorunu yine de masada çözmektir. En ufak bir fevriliğin daha büyük bir karmaşaya sebep olacağını bilen Neslihan ülkesini dünyaya delillerle savunmaya kararlıdır. ömer'in şüphelerinin hedefi haline gelen Gökhan ise Neslihan'ın bu kararlılığından ürkse de kendini ele vermeden amacına ulaşmak için elinden geleni ardına koymayacaktır. Ekip, ömer ve Neslihan'ı iki farklı koldan verdiği mücadelede yalnız bırakmaz. Daha yeni tanışmalarına rağmen birbirlerinden öğrenecek çok şey olduğunun farkına varan ekip hem vatanlarının hem de ömer ile Neslihan'ın güvenilir dayanağı olacaktır.

Zehra'nın yaşadığına inanan ömer, Mostar'dan Blagay tekkesinde Derviş Baba'nın da yardımıyla Zehra'nın peşine düştü. ömer bu sırada elde ettiği bilgiyle Kosova'daki barış gücü komutasının Türkiye'ye geçmesi için yapılan bir toplantıyla ilgili tehlikeyi fark etti. Toplantıya yapılan saldırı sonu Balkan devletleri teşkilatının başkanı şehit düşerken ömer'in Dışişleri Bakanlığı'nda görevli üst düzey diplomat olan Neslihan'la yolu kesişti. Neslihan verdikleri şehidin üzüntüsünü yaşarken bir anda karşısına çıkan ve onu kurtaran kişinin kim olduğunu öğrenmek için harekete geçti. Saldırının ardından ömer tekrar Zehra'yı aramaya başladığında ise Zehra'nın öldüğü gerçeği ile yüzleşti. Derin bir yasın içine giren ömer tekkede inzivaya çekilirken Neslihan saldırının arkasındaki yapının Şirket olduğunu öğrendi. Devlet yeniden ortaya çıkan bu derin yapıyla mücadele edilmesi için Neslihan'ın önderliğinde bir ekip kurulmasına karar verdi. Neslihan hızla çalışmalarına başlarken kuracağı ekibin başında ömer Atmaca'nın olmasını istedi. ömer kendisine emanet edilen sancakla İstanbul'a döndü. Kendisini öldü bilen ailesi ve sevenlerinin karşısına çıkan ömer onlarla hasret giderdikten sonra her birinin farklı yetenekleri olan vatan sevdalılarıyla yeni bir ekip kurdu.

Aylar süren operasyonun ardından, ekip intikam ateşiyle dolan Francis'in David Hartley'in başaramadığı planını engellemek için zorlu bir mücadeleye hazırlanır. Teşkilat, hem düşmanları alt etmek hem de bu zorlu savaşı kazanmak için gücünü ve cesaretini kullanmak zorundadır. ömer ve Zehra, kaybettikleri yılları telafi etmek ve birlikte yeni bir başlangıç yapmanın eşiğindedir. Ancak çıktıkları bu yolda büyük bir fedakarlık yapmak zorunda kalacaklar. Her son, yeni bir başlangıcı karşılar. Teşkilat'ın sezon finali, gelecek sezonda daha da büyük heyecan ve sürprizlerle dolu bir maceranın kapısını aralayacak.

Siyah İnci ve Francis'in yokluğuyla Hartley, planını tek başına yürütmek zorunda kalır. Ekibin ise hedefi artık bellidir; David Hartley'in cezasını kesmek. Güzel günlerin kapısı aralanırken herkesin özlemini çektiği aile sıcaklığı yemek masasında yaşanır. Bitirici hamleyi yapmak için son bir şansı kalan Hartley duvara toslayacağından habersizdir. ömer ve Zehra'nın birliktelik hayallerine ise bir tehdidin gölgesi yavaş yavaş yaklaşmaktadır!

Hartley, intikamının zaferini kutlarken ömer ise babasını kaybetmenin acısıyla baş etmeye çalışır. Hasan Atmaca'nın kahramanca vedası, ömer'in üzüntüsünün bir nebze dinmesini sağlar. Teşkilat, terör saldırısında parmağı olan herkesi hedefe koyar. öncesinde, ekibin yeni saha elemanı ile tanışma zamanı gelmiştir. ömer ve Zehra'nın yarım kalan aşkları tekrardan filizlenmeye başlar. Hartley, ezeli düşmanı Hasan Atmaca'dan kurtulduğunu sanarken unuttuğu bir şey vardır; 'Atmaca' yalnızca bir tane değildir!